1. 질의내용 요약

1. 회사의 개요

ｏ 신공항고속도로 주식회사(이하 “회사”)는 사회간접자본시설에 대한 민자유치촉진법에 따른 민자유치시설사업인 서울∼인천국제공항간 고속도로의 건설 및 운영을 위해 1995. 12월에 설립된 법인임.

ｏ 현재 회사는 상기 고속도로를 건설하고 있으며 고속도로는 준공과 동시에 국가에 그 소유권이 이전되며, 이후 30년간의 관리운영권을 부여받아 고속도로 이용자들로부터 통행료를 징수하여 투자비 등을 회수할 예정임.

2. 질의사항

가. 부가가치세법상 세금계산서 교부방법에 대한 사항

(1) 현황

ｏ 회사가 시행중인 고속도로공사구간 중 연육교(육지와 영종도를 잇는)공사와 같이 동일교량내에 철도와 고속도로가 함께 통과하게 되어 철도와의 병행시공이 불가피한 공사에 대해서는 ‘수도권신공항 고속도로 민자유치시설사업 기본계획(건설교통부 고시 제1995-174호, 1995. 5.)’ 및 ‘수도권신공항고속도로 민자유치시설사업 실시협약(1995. 10. 27)’에 따라 회사가 병행하여 시행하도록 되어 있음.

ｏ 따라서 철도청과 회사는 이러한 병행공사구간에 대해 ‘인천국제공항 전용철도와 고속도로 병행구간 공사 위·수탁협약서(1997. 1. 27)’를 체결하여 공사시행의 위·수탁자로서 공사를 시행하고 있음.

ｏ 병행구간 공사 중 철도기초시설에 대한 공사는 회사로부터 도급받은 도로구간 시공자(건설회사)가 공사를 수행하며, 회사는 이러한 과정에서의 시행이익 또는 수수료와 같은 경제적인 이득을 얻지 아니함.

(2) 질의사항

ｏ 회사가 철도청으로부터 시행을 위탁받은 철도시설공사에 대해 부가가치세법상 시공자가 철도청을 공급받는 자로 하여 직접 세금계산서를 교부하고 회사는 수탁자로서 사업자등록번호를 부기하는 형식으로 세금계산서를 발행할 수 있는지 여부에 대해 질의함.

(3) 의견

ｏ 병행구간의 철도기초시설공사는 시행 및 시공의 효율성 때문에 회사가 병행시행하는 것임.

ｏ 부가가치세에 있어서는 시공자가 철도청에 공급하는 도시철도건설용역은 영세율이 적용되지만, 회사가 중간에 개재하여 시공자가 회사로 세금계산서를 발행할 경우 이는 일반과세(10％)로 부가가치세가 과세되며, 회사가 다시 철도청에 발행하는 세금계산서에 대해서는 영세율이 적용됨.

ｏ 회사는 이와 같은 병행시행의 위·수탁과 관련하여 실질적인 경제적 이득을 취하는 것이 없으면서 부가가치세만 부담하는 것이 됨. 물론, 부가가치세 매입세액에 대해 환급이 되기는 하지만 환급시점까지의 이자비용을 회사가 부담하게 됨.

ｏ 따라서, 회사의 성격 및 거래구조를 고려해 볼 때 상기와 같은 위·수탁계약에서는 시공자가 철도청에 직접 세금계산서를 교부하는 것이 합리적인 것으로 판단됨.

나. 부가가치세법상 조기환급대상 여부

(1) 현황

ｏ 회사는 고속도로준공과 동시에 고속도로시설 일체에 대한 소유권을 국가로 이전하고 이에 대한 관리운영권을 얻게 되는 법인으로, 공사기간중 발생하는 고속도로건설비에 대한 부가가치세 매입세액을 부담하고 있음.

(2) 질의사항

ｏ 회사의 고속도로 건설과 관련하여 발생하는 부가가치세 매입세액에 대해 조기환급대상이 되는지의 여부에 대해 질의함.

(3) 의견

ｏ 부가가치세법 제24조 제2항에서의 사업설비는 법인세법시행령 제48조에 규정한 감가상각자산임.

ｏ 회사가 고속도로건설을 위해 지출하는 공사비는, 회사의 목적사업인 ‘고속도로의 건설 및 운영’을 위해 필수적인 사업설비인 ‘고속도로에 대한 관리운영권’을 취득하기 위한 것이라고 봄.

ｏ 회사의 고속도로 건설공사비와 관련하여 고속도로 자체는 준공과 동시에 국가에 기부채납되어 고속도로 그 자체는 회사의 사업설비가 아니지만, 이러한 공사비 지출은 회사의 사업설비인 ‘고속도로에 대한 관리운영권’의 취득을 목적으로 하는 자본적지출임.

ｏ 따라서, 회사의 ‘고속도로에 대한 관리운영권’은 법인세법시행규칙 별표4에 규정된 유료도로관리권에 해당된다고 판단되며, 따라서 조기환급대상이 되는 ‘사업설비’에 해당된다고 봄.