1. 질의내용 요약

수도권신공항건설공단은 정부의 사회간접자본 핵심투자사업인 수도권신공항건설사업을 수행하기 위해 수도권신공항건설공단법에 의해 설립된 비영리 무자본 특수법인으로, 동 공단은 정부출연금과 자체차입금 등을 투자재원으로 하여 수도권신공항 건설사업과 이에 관한 기술연구·조사 및 기타 관련부대사업 등을 수행하며 신공항시설은 준공과 동시에 소유권이 국가에 귀속되고 그 운영에 관한 권리와 건설사업에 관한 채무는 한국공항공단이 포괄승계하도록 규정되어 있는 바, 신공항건설완료와 동시에 사업이 종료되는 신공항건설공단이 당해 신공항건설 등과 관련하여 교부 받은 세금계산서의 매입세액을 공제(환급)받을 수 있는지 여부에 대해 다음과 같은 이견이 있어 질의함.

〈갑설〉 국가에 무상으로 소유권이 이전되는 신공항 등의 건설사업에 관련된 매입세액은 불공제함. 다만, 기타 부대사업 중 동 공단이 직접 운영하는 과세사업에 공할 시설물의 건설과 관련된 매입세액은 공제하되, 공통매입세액은 동법시행령 제61조의 규정에 의해 안분계산함.

（이유）o 수도권 신공항건설공단이 건설하고 있는 수도권 신공항시설은 준공과 동시에 국가에 소유권이 귀속되고 운영권 및 부채는 한국공항공단이 승계 하도록 되어 있는 바, 소유권 이전시 국가에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 즉, 대가관계가 없는 무상조건의 기부채납으로 동법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의해 부가가치세가 면제되어 매출세액이 발생되지 아니하고,

o 운영권을 인계 받는 한국공항공단은 동법 시행령 제38조 제1항에서 규정하는 정부업무대행단체(국가)로서, 한국공항공단이 공급하는 공항시설의 관리·유지·운영용역에 대하여도 부가가치세가 면제되므로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로 보아야 하며,

o 또한 신공항건설공단은 국가를 대신하여 공항건설사업만을 영위하는 사실상 정부업무를 대행하는 단체이므로 최종소비자 입장에서 면세사업에 공할 공항의 건설 관련매입세액은 불공제하여야 하기 때문임.

o 따라서 고속철도 건설과 관련된 매입세액 공제여부에 대한 재경원 유권해석(소비 46015-22, 1995. 1. 23)에 대하여도 고속철도공단이 신공항건설공단과 사업범위가 동일하고 고속철도건설 완료 후 동 시설을 철도청이 이전하는 것으로 고속철도건설공단법에 개정됨에 따라 고속철도공단의 고속철도건설과 관련된 매입세액도 매출세액에서 불공제하는 것으로 해석하여야 함.

(동 회신문 내용중 부가가치세 과세되는 고속철도 등의 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 대한 해석시 고속철도공사 완료 후 동 시설을 철도청에 인계하는 것은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의해 부가가치세가 과세되지 아니하므로 고속철도 공사관련 매입세액은 불공제하여야 하는 것으로 보아야 함)

〈을설〉 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의해 매입세액을 공제함. 다만, 토지조성(부지조성) 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 대하여는 동법 제17조 제2항 제4호 및 제5호의 규정에 의해 매입세액 불공제함.

（이유）o 수도권신공항건설공단법에 의해 설립된 당해 공단의 사업은 신공항 등의 건설과 일부 부대사업을 수행하는 것으로 규정하고 있어 동 공단이 건설한 시설 등의 소유권이 국가에 귀속되고 그 운영에 관한 권리(자산)와 의무(부채)는 포괄적으로 한국공항공단에 승계 된다 하더라도 동 공단의 사업은 과세사업인 신공항 등의 건설 그 자체로 보아야 하며,

o 또한 사업종료 후 국가에 소유권을 이전하고 운영권과 함께 신공항건설사업 관련 부채도 실제 관리운영할 한국공항공단에 인계하며 기타 부대 시설물 중 일부는 신공항건설공단이 과세사업에 영위할 예정이므로, 이는 국가에 무상 공급한 것이 아니라 유상공급한 것으로 보아야 하므로 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 해당하지 아니하여 부가가치세가 면제되는 사업관련 매입세액으로 볼 수 없기 때문임.

o 또한 국가에 무상공급한 것으로 보는 경우에도 부가가치세법 기본통칙 5-3-8…17의 규정에서 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 국가 등에 무상으로 공급한 경우 당해 재화의 매입세액을 공제하여야 한다고 규정하고 있고,

o 신공항건설공단은 정부를 사실상 대행하여 정부의 핵심정책사업을 수행하므로 이의 원활한 수행을 위한 자금부담 완화와 금융비용 절감 및 지원차원에서 건설관련 매입세액을 공제(환급)할 필요가 있기 때문임.