1. 질의내용 요약
○ 사실관계
질의 법인은 기술개발촉진법에 의하여 기업부설연구소를 설립한 중소기업 법인으로 최초 연구․인력개발비가 발생한 2006년에 상기의 두 가지 방법 중 당기발생액 기준으로 세액공제를 신청함, 그러나 이후 연평균 기준에 의한 세액공제가 더 유리하며 당사의 경우 그 대상이 되는 것을 확인함
○ 질의요지
1) 과거 4년간 연구 및 인력개발비가 발생하지 않다가 당해연도에 최초로 연구인력개발비가 발생한 경우에 연평균발생액 기준에 의하여 세액공제를 받을 수 있는 지 여부
2) 세액공제가 유리한 방법으로 변경하여 경정청구가 가능한지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2006. 12. 30. 개정)
1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)
가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)
나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 (2006. 12. 30. 개정)
2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. (2007. 12. 31. 개정)
가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)
나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)
다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 (2007. 12. 31. 신설)
100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. (2007. 2. 28. 개정)
당해 과세연도개시일부터
소급하여 4년간 발생한 연구
및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수
────────────── × ───────────
4 12
⑤ 제4항의 산식 중 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 계산함에 있어서 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 재정경제부령이 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인 등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 재정경제부령이 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병 등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인 등”이라 한다)로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 때에는 피합병법인 등에서 합병 등을 하기 전에 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 연구 및 인력개발비로 본다. (2007. 2. 28. 개정)
⑥ 제4항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다. (2007. 2. 28. 개정)
⑦ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구 및 인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2007. 2. 28. 항번개정)
○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】
① 제5조, 제7조의 2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 5, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (2007. 12. 31. 개정)
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의 2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 5, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다. (2007. 12. 31. 개정)
○ 조특법 기본통칙 10-9…2 【연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액 계산】
법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 계산한다. (2002. 4. 15. 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-1923, 2005.11.28
[조특] 공제세액계산
【제목】
연구인력개발비세액공제 적용시 ‘당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구및인력개발비의 합계액’은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구및인력개발비를 포함하여 계산하는 것임
【질의】
(사실관계)
ｏ 당사는 1997.1.8. 설립된 법인으로서 제품을 제조하여 해외로 수출하는 조세특례제한법상 중소기업에 해당되며 기업부설연구소를 2001년도에 신청하여 당해연도에 인증받았음.
ｏ 법인이 투자한 연구 및 인력개발비 발생내역
ㆍ1997년 : 0원
ㆍ1998년 : 1,200,000원
ㆍ1999년 : 2,000,000원
ㆍ2000년 : 5,000,000원
ㆍ2001년 : 120,000,000원
ｏ 상기 내용과 같이 2001년도분 연구 및 인력개발비 세액공제대상액을 계산시 최초 과세연도 기준일에 대한 질의임.
(질의내용)
〈갑설〉 : 둘 중 큰금액 : 58,975,000원
① 당해 연도 발생분 : 120,000,000×15％＝18,000,000
② 과거 4년간 초과발생액 : (120,000,000-2,050,000)×50％＝58,975,000
〈을설〉 : 18,000,000원
전담연구소를 설립하여 인가받은 과세연도로 보기 때문에 무조건 인증일 이후의 발생액만이 대상이므로 과거 4년간 초과발생액은 적용할 수 없으므로 당기 발생분만 해당되는 것임.
【회신】
귀 질의의 경우 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에 의한 “증가지출분”세액공제를 적용함에 있어 동법 시행령 제9조 제3항의 「당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액」의 계산은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 계산하는 것임.
중소기업이 아닌 내국기업의 연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생하는 경우 동 금액은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 아님 (06.12.30 법 개정됨)
○ 서면2팀-761, 2004.04.12
[조특] 공제세액계산
【제목】
소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 연평균지출액은 지출액이 없는 연도가 있어도 직전 4년간 지출액의 단순합계액의 평균액임
【질의】
법인 설립후 4년 경과된 법인이 연구 및 인력개발비의 지출이 2002.3월에 최초 발생한 경우(그 이전에는 당해연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비가 없었음)
2003년 귀속 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산방법
- 2002.3월∼2002.12월 : 4천만원, 2003.1월∼2003.12월 : 4억 지출
【회신】
귀 질의의 경우 유사 질의회신 사례(법인 46012-1902, 2000.9.9. 및 재조예 46070-293, 2000.8.18.)를 참고바람.
○ 법인46012-1902, 2000.09.09
소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 연평균지출액은 지출액이 없는 연도가 있어도 직전 4년간 지출액의 단순합계액의 평균액임
○ 서면2팀-452, 2006.03.03
연구 및 인력개발비세액공제를 최저한세가 적용되는 것으로 잘못 알고 세액공제 대상을 전액을 공제 받지 않은 경우 경정청구를 통하여 추가로 세액공제를 적용 받은 수 있음
○ 법인46012-472, 1995.02.22
기술 및 인력개발비세액공제 및 특정설비투자세액공제는 공제신청서 지연제출시도 이월공제가능함
○ 제도46012-12533, 2001.08.03
‘연구ㆍ인력개발비’를 지출했으나 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 납부할 세액이 없는 법인이 법인세신고시 그 명세서를 제출않고 지연제출한 경우에도 ‘이월공제’ 가능함
○ 법인46012-1630, 1999.04.30
o 조세감면규제법 제9조의 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 당해 과세연도의 개시일로부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 지출액이 전혀 없는 경우에는 동조 제1항 제1호에 의한 세액공제를 적용받을 수 없는 것이나,
o 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 기술 및 인력개발비를 지출한 기간이 2년에 미달하는 경우에는 당해 지출액을 환산하여 적용할 수 있는 것임.