1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

- 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 비영리 종교법인으로서 전도, 교육, 구호와 보육, 기타 사회교화 봉사사업을 목적으로 하고 있음

- 본 법인 정관 제4조 제5호는 효도 앙양과 조상 존중사상을 함양하기 위한 분묘지 사업을 규정하고 있음

- 본 법인이 소유하고 있는 임야를 3년 이상 교인들의 묘지로 사용하다가 양도하려고 함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

□ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 제2조【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 서면2팀-820(2005.06.15)

  귀 질의의 경우 교회가 3년 이상 보유한 토지를 신도들의 사후 매장을 위한 묘지로 사용한다고 하더라도, 묘지 운영이 교회의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화를 위하여 직접적으로 필요하다고 볼 수 없으므로 당해 토지의 양도는 수익사업으로 보아 법인세가 과세되는 것임

○ 서면2팀-1112(2007.06.07)

 「국세기본법」 제13조 “법인으로 보는 단체”에 해당되는 경우에 교회가 3년 이상 소유하고 신도들의 사후매장을 위한 공동묘지로 사용하고 있는 토지가 「법인세법 시행령」 제2조 제2항의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용한 것에 해당되는지 여부에 대하여는 기 질의회신문(서면2팀-820, 2005.6.15.)을 참고하기 바람

○ 국심2003서614(2003.04.22)

  청구법인은 쟁점토지의 토지대장, (재)□□□□□□□교회 ○○○○○○○○위원회 정관(이하 “묘지운영정관”이라 한다)을 제시하면서 쟁점토지를 양도한 것은 비영리법인이 3년 이상 고유목적사업에 사용하던 고정자산을 양도한 경우에 해당하므로 관련법령에 법인세 및 법인세 특별부가세를 과세할 수 없다고 주장하는 바 이에 대하여 본다.

 (가) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】 제2항 제5호는 비영리법인의 경우 “고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입”은 수익사업에 해당하므로 각 사업연도의 소득에 대하여 법인세를 과세하는 것으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 제82조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】 제1항 제2호는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등”에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제하는 것으로 규정하고 있는 바, 쟁점토지가 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용한 토지인지 여부가 이 건 과세처분의 관건이라 할 것이다.

 (나) 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구법인의 사업목적은 “본 법인은 □□□□□□□교회와 산하 지교회 및 기관의 발전을 위하여 토지건물 및 설비품을 소유관리하여 필요한 자산을 공급할 목적으로 국내외 선교사업, 교육사업, 구료사업, 사회사업, 영유아보육시설사업, 기타 필요한 부대사업을 영위함”인 바, 신도들의 사후 매장을 위한 묘지운영사업이 □□□□□□□교회와 산하 지교회 및 기관의 발전을 위하여 직접적으로 필요하다고는 볼 수 없으므로 쟁점토지를 묘지로 사용한 경우는 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 해당하지 아니하는 것으로 보여진다. 이는 법인세법 제3조 제2항 제5호에서 고정자산의 처분의 경우에는 수익사업에 해당하는 것으로 별도의 규정을 두었으므로 청구법인이 묘지운영정관을 마련하였는지 여부와 청구법인의 묘지운영사업이 부가가치세법상 면세사업자에 해당하는지 여부와는 관계가 없다고 할 것이다.

 (다) 따라서, 쟁점토지를 양도한 것이 비영리법인인 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용한 토지를 양도한 경우에 해당하지 않는 것으로 보고 법인세 및 법인세 특별부가세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 92서 435, 1992. 4. 14 같은 뜻)