1. 질의내용 요약
○ 사실관계 및 질의요지
- 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 종중이 종중재산인 농지, 묘지 등이 수용되어 토지공사로부터 보상금을 수령하였으며, 법法§62의2 비영리내국법인 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 예정신고하려 함
- 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법法§62의2를 적용하여 자산양도소득을 예정신고하는 경우 조특法§69 ‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’ 적용이 가능한지
- 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법法§62의2를 적용하여 자산양도소득을 예정신고하는 경우 조특法§77 ‘공익사업용토지 등에 양도소득세의 감면’ 적용이 가능한지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
□ 법인세법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제2항제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
1. 「소득세법」 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. <개정 2006.12.30 부칙>
④ 「소득세법」 제96조·동법 제97조·동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액·필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다.
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의2의 규정은 이를 준용한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
□ 조세특례제한법 제2조【정의】
제2조 【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. <개정 2001.12.29 부칙, 2005.12.31 부칙>
1. "내국인"이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다.
□ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.12.31 부칙, 2005.12.29 부칙, 2005.12.31 부칙>
② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2002.12.11 부칙>
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
□ 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. <신설 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2006.4.28 부칙, 2008.2.22 부칙>
1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역
② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제28조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제29조에 따른 농업회사법인을 말한다. <신설 2002.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2008.6.20 부칙>
□ 조세특례제한법 제77조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.29 부칙, 2002.12.11 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>
1. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
2. 도시및주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
3. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득
□ 조세특례제한법 시행령 제72조 제2조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】
⑥ 법 제77조제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조의2제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10 부칙, 2001.12.31 부칙, 2005.2.19 부칙, 2008.2.22 부칙, 2008.2.29 부칙
나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)
○ 서면2팀-982, 2008.5.20(서면2팀-1966, 2006.9.29)
비영리내국법인(수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 제외)이 「소득세법」 제104조의 2 제2항에서 규정하는 지정지역내의 부동산을 「조세특례제한법」 제85조 각호의 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용 포함)하는 경우에는「조세특례제한법」제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세과세특례)의 규정이 적용됨
○ 법규과-4122, 2006.9.27
비영리내국법인(수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 제외)이 「소득세법」 제104조의 2 제2항에서 규정하는 지정지역내의 부동산을 「조세특례제한법」 제85조 각호의 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용 포함)하는 경우에는「조세특례제한법」제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세과세특례)의 규정이 적용됨
○ 서이46012-11494, 2003.8.18
귀 질의의 경우 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인이 거주자인 종중원이 경작하던 종중 소유의 농지를 1997년도부터 경작하다가 2000년도에 양도하는 경우로서 당해 토지가 舊 「조세특례제한법」 제69조(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것) 제1항 및 같은법시행령 제66조에 규정된 “자경농지”에 해당되는지 여부는 당해 토지의 이용실태 등을 감안하여 사실판단하여야 할 사항임
○ 조세특례제한법 기본통칙 69-0…3 【 자경의 정의 】
① 법 제69조 제1항의 규정을 적용받을 수 있는 자경농지는 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기책임하에 농사를 지은 농지로서 위탁경영하거나 대리경작 또는 임대차한 농지를 제외한다.(2002.04.15 개정)
② 종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하거나 자기책임하에 농사를 지은 경우에도 법 제69조 제1항의 규정에 의한 자경농지로 본다.(2002.04.15 개정)