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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

-당 연합회는 ｢교육기본법｣ 제15조 및 ｢민법｣ 제32조에 따라 설립

- 당 연합회는 사이버대학 설립한 후, 고유목적사업 및 임대수익사업에 사용 중인 토지 및 건물을 재평가하여 사립학교에 출연할 예정

- 1～5층 고유목적사업, 5～12층 임대사업에 사용하고 있으며, 출연예정 부동산의 취득가액은 10억원이나 감정가액은 50억원임

나. 질의요지

-비영리법인이 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용하던 토지 및 건물을 재평가하여 출연하는 경우 이를 고정자산의 처분으로 인해 생기는 수입으로 보아야 하는지

- 부동산 출연행위에 대해 법인세법상 기부금 관련 규정의 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) (중 략)

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 생략

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “법정기부금의 손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조 제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다

 2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

 3. 천재ㆍ지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

 4. 다음 각 목의 기관(병원을 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

  가. 「사립학교법」에 의한 사립학교

  나. 비영리교육재단(사립학교의 신축ㆍ증설, 시설확충 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 비영리 재단법인에 한한다)

  다. 「기능대학법」에 의한 기능대학

  라. 「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설

  마. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 의하여 설립된 외국교육기관

  바. 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단

③ 생략

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 113-156…4【수익사업과 비영리사업의 구분경리】

수익사업과 비영리사업의 구분경리는 수익과 비용에 관한 경리뿐만 아니라 자산과 부채에 관한 경리를 포함하는 것으로 한다.

○ 사립학교법 제2조 【정 의】

① 이 법에서 “사립학교”라 함은 학교법인 또는 공공단체 외의 법인 기타 사인이 설치하는 「유아교육법」 제2조 제2호와 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 규정된 학교를 말한다.

② 이 법에서 “학교법인”이라 함은 사립학교만을 설치ㆍ경영함을 목적으로 이 법에 의하여 설립되는 법인을 말한다.

③ 이 법에서 “사립학교경영자”라 함은 「유아교육법」, 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」과 이 법에 의하여 사립학교를 설치ㆍ경영하는 공공단체 외의 법인(학교법인을 제외한다) 또는 사인을 말한다.

○ 사립학교법 제3조 【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교 등】

① 학교법인이 아닌 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사립학교를 설치ㆍ경영할 수 없다. 다만, 「초ㆍ중등교육법」 제52조 제2항의 규정에 의하여 산업체가 그 고용근로청소년의 교육을 위하여 중학교 또는 고등학교를 설치ㆍ경영하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교ㆍ대학

 2. (삭제, 1999. 8. 31.)

 3. 산업대학ㆍ사이버대학ㆍ전문대학ㆍ기술대학

 4. 대학ㆍ산업대학ㆍ전문대학 또는 기술대학에 준하는 각종 학교

○ 고등교육법 제2조 (학교의 종류)

고등교육을 실시하기 위하여 다음 각호의 학교를 둔다.

 1. 대 학 2. 산업대학 3. 교육대학 4. 전문대학

 5. 방송대학ㆍ통신대학ㆍ방송통신대학 및 사이버대학(이하 “원격대학”이라 한다)

 6. 기술대학 7. 각종학교

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-531(2007.3.28)

(질 의)

당해 법인에서 사립학교에 학교부지로 사용될 토지를 무상으로 기부할 예정임.

법인세법 제24조 제2항 제4호(가목, 사립학교법에 의한 사립학교)에서는 “사립학교에 시설비, 교육비 장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금은 법정기부금에 해당”된다고 되어 있는데 토지를 기부할 경우 시설비에 포함되는 것으로 법정기부금에 해당되는지 여부

(회 신)

내국법인이 당해 법인의 업무와 관련 없이 「사립학교법」에 의한 사립학교에 학교부지로 사용될 토지를 기부하는 경우 당해 토지의 장부가액은 「법인세법」 제24조 제2항 제4호의 규정에 따라 법정기부금에 해당하는 것임.

○ 서면2팀-2616(2006.12.18)

내국법인이 「사립학교법」에 의한 사립학교에 시설비ㆍ교육비ㆍ연구비로 지출하는 출연금은 학교법인과 출연자가 특수관게 유무에 관계없이 「법인세법」 제24조 제2항 제4호의 규정에 의하여 법정 기부금에 해당하는 것이며, 출연금이 금전 외의 자산인 경우에는 같은법 시행령 제37조 제1항의 규정에 의한 가액을 출연가액으로 하는 것임.

○ 재법인46012-149(1993.9.7)

(질 의)

자연인 ○○○을 설립자로 하여 학교법인을 설립함에 있어서 학교법인 설립자금 소요액 80억원 상당액을 ○○○이 10억원을 현금으로 출손하고 ○○○이 과점주주 겸 대표이사인 (주)×××가 시가 70억원 상당 부동산으로 출연하기로 하여 주무처로부터 학교법인 설립인가를 받은 후 ○○○과 (주) ××× 로부터 각각 출연을 받아 출연받은 현금과 부동산(매각대금)으로 학교법인의 학교부지 구입 및 교사 신축 등 시설비로 사용할 경우 (주)×××의 출연행위에 대하여 아래와 같이 양설이 있어 질의함.

(갑설) 법인세법 제20조의 부당행위계산부인규정이 적용 되지 아니함.

(을설) 부당행위계산부인규정이 적용됨.

(회 신)

법인이 사립학교법에 의한 사립학교(또는 학교법인)에 시설비·교육비·연구비로 지출한 출연금은 학교법인과 출연자간 특수관계 유무에 관계없이 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호의 규정에 의하여 손금산입되는 것이며, 출연금이 금전 이외의 자신인 경우에는 법인세법시행령 제41조 제1항 및 법인세법시행규칙 제16조의 2 규정에 의한 가액을 출연가액으로 보며 또한 학교법인은 법인세법시행령 제28조의 규정에 따라 동 출연가액을 당해 자산의 취득가액으로 하여 자산계상하는 것임.

○ 서면2팀-1552(2005.9.27)

법인세법 시행령」 제36조에 규정하는 단체 등과 특수관계있는 법인이 동 단체 등에 동조에 규정하는 각종 시설비, 교육비 또는 연구비 등으로 지출한 기부금이나 장학금은 이를 지정기부금으로 보는 것이나, 귀 질의 장학단체가 지정기부금단체에 해당하는지 여부는 설립목적, 근거, 사업내용 및 인ㆍ허가 내용 등에 따라 사실판단할 사항임.

○ 재소득-70(2004.3.9)

개인이 사립학교법에 의한 사립학교에 시설비, 교육비, 연구비 등으로 지출한 출연금은 당해 사립학교와 출연자간 특수관계 유무에 관계없이 소득세법 제34조 제2항 제6호의 규정에 의하여 당해연도의 소득금액에서 이월결손금을 차감한 금액 범위내에서 전액 필요경비에 산입함.

○ 재법인-88(2003.10.13)

법인이 고등교육법에 의한 대학교에 지출한 기부금이 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 나목의 규정과 조세특례제한법 제73조 제1항 제2호의 규정이 동시에 적용되는 경우는 법인이 선택하여 관련규정을 적용할 수 있음

○법인46012-3120(1999.8.10)

법인이 사립학교법에 의한 사립학교(학교법인이 수령하여 학교에 지출하는 경우를 포함)에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출한 기부금은 조세특례제한법 제73조의 규정에 따라 당해 과세연도의 소득금액계산상 이월결손금을 차감한 후의 소득금액 범위안에서 이를 손금산입하는 것임.

○ 서면2팀-1731(2005.10.31)

법인이 장학단체의 설립기금을 전액출자 한 당해 장학단체에 임대를 목적으로 부동산을 매입하여 5∼10년간 무상으로 임대하는 경우 원칙적으로 부당행위 계산 부인대상이 되는 것이나 동 거래가 조세를 부당히 감소시킬 목적이 없는 한 부당행위관련 익금산입 대상 상당액은 지정기부금으로 처리할 수 있는 것임.

또한 부동산임대를 목적으로 하는 법인이 임대목적으로 취득하여 특수관계자에게 무상임대를 하는 경우 당초의 취득목적이 임대수입을 위한 것이 아니고 특수관계자에게 자산을 무상제공하기 위한 것에 해당하는 경우의 당해 자산은 업무무관자산에 해당하는 것이나 귀 질의가 이에 해당하는지는 사실판단 하여야 하는 것임.

○ 법인-1599(2008. 7.16.)

법인이 특수관계자인 지정기부금 단체 등의 시설비, 교육비 또는 연구비 등으로 지출한 기부금이나 장학금은 지정기부금으로 보는 것이나, 주주 또는 출자자인 비영리법인에게 주식비율에 따라 기부금을 지출하는 등 특수관계자인 지정기부금 단체 등에 기부금 지출로 인해 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하는 것임

○ 법인46012-1320(1994. 5. 9)

법인이 장학단체·문화예술단체에 지출하는 기부금은 지정기부금으로 손금산입되는 것이나, 조세부담을 부당하게 감소시킬 목적으로 주주 등 특수관계에 있는 장학단체 등에 지출한 기부금이 사실상 이익을 분여한 것으로 인정되는 때에는 법인세법 제20조의 부당행위계산부인규정이 적용되는 것이며, 이 경우 이익을 분여한 것인지 여부는 실질내용에 따라 사실판단할 사항임.

○ 법인46012-2912(1997.11.12.)

(질 의)

에너지관리공단은 고유목적사업과 병행하여 산업체 및 공공건물의 에너지관리진단을 수행하고 받는 수수료와 에너지절약기술보급지 구독료를 수익사업으로 구분계리하여 법인세를 신고납부하고 있으나, 1982년에 건립하여 고유목적사업과 수익사업에 함께 사용(일부층은 고유목적사업과 수익사업 담당부서별로 사용면적이 구분되며, 일부층은 공통사용)하던 4층건물(지하2층 포함)을 사옥이전목적으로 매각하는 경우 양도차익 전체에 대하여 법인세를 과세하는지, 아니면 수익사업 해당 부분만 과세하는지 여부

(회 신)

비영리내국법인이 수익사업과 고유목적사업에 공통으로 사용하던 부동산(사옥)을 양도하는 경우 양도일 현재 고유목적사업에 3년 이상 사용하던 부분에 대하여는 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 동법시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 각사업연도소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것임.

○ 재무부법인46012-216(1993.12.27)

비영리법인이 양도일 현재 2년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 부동산의 처분수입은 법인세법시행령 제2조 제2항에 의하여 법인세가 과세되지 아니하므로 부동산의 일부는 고유목적사업에 사용하고 나머지 수익사업에 사용한 경우 2년 이상 고유목적 사업에 사용하던 부분에 대하여는 법인세가 과세되지 아니하는 것임.