1. 질의내용 요약
□ 사실관계
- ○○교회는 기독교한국○○회소속으로 법인으로 보는 단체로 승인받음(2004.1.)
- ○○교회를 건축할 것을 약정한 건설회사가 있어 임차인과 계약종결하고 2006년 12월 대출을 받아 임차보증금을 지급함.
- 건축허가 진행 중 질의법인의 토지가 지구단위계획으로 지정되어 건축제한이 있음을 알게 됨. 이러한 상황에서 매수자가 나타남.
＊ 현재 건물을 1층은 도서를 대여해 주고 있으며, 2층은 담임목사 사택으로 사용하고 있음.
□ 질의요지
- 교회건물을 양도할 경우 법인세 과세여부
【關聯法令】
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중 략)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (이하생략)
□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중 략)
② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>
□ 법인세법 제62조의 2 【 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 】
① 비영리내국법인(제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제2항제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
1. 「소득세법」 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
□ 법인세법 제55조의 2 【 토지등양도소득에 대한 과세특례 】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2003.12.30 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙, 2008.2.29 부칙> (중략)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
【關聯例規】
비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우 당해 소득은 수익사업소득에서 제외되어 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는 지 여부는 사실판단 할 사항임
또한, 내국법인이「법인세법 시행령」제92조의 2 제2항 각호의 1에 해당되는 주택을 제외한 주택을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가하여 납부하여야 하는 것임