1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의협회는 ○○지역 사용자들에 대한 노동관계 조정, 지원과 제휴를 통한 노사간 이해증진 및 협조체제의 확립과 기업경영의 합리화와 건전한 노동운동을 조성하게 함으로써 산업평화와 국민경제발전을 도모함을 목적으로 설립된 비영리내국법인임.

- 질의협회는 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료 징수 등의 업무를 근로복지공단으로부터 인가받아 보험사무대행기관으로서 업무를 대행하고서 공단으로부터 보험사무대행지원금을 2001년이후 수령하고 있음

- 질의협회는 상기 보험사무대행지원금이 수익사업에 해당되지 않는 것으로 보고 구분경리를 하지 않았으며, 법인세를 부과받았음.

- 과세관청에서는 질의협회의 보험료 징수업무를 고유목적사업과 동종업종으로 보아 공통손금을 수입금액을 기준으로 안분하였음.

○ 질의요지

비영리내국법인 공통손금의 안분계산방법

【關聯法令】

□ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】 (부칙)

법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

□ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

□ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】(중략)

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. (1999. 5. 24. 개정)

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)