1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의법인은 유치원․초․중고등학교룰 유지․경영하는 학교법인으로 2006년에 개인으로부터 농지를 기부약정받고 공증하였으나, 농지인 관계로 등기이전 과정에서 질의법인으로 소유권이전 등기가 되지 않아 최근 가등기를 완료함.

- 기증받은 농지를 제3자에게 매각하여 매각대금을 질의법인 기본재산으로 등재, 관리할 계획임.

- 농지의 매각은 기부자를 매도자, 토지 매입자를 매수자로 하고 실질 소유자인 질의법인을 수익자로 하는 매매계약에 입각하여 매각대금은 질의법인이 직접 수령하여 양도세 관련 세금을 납부하고자 함.

○ 질의요지

- 실질은 법인소유지만 명의는 개인으로 등기된 부동산을 양도한 경우 양도소득세를 신고해야 하는지 법인세로 신고하는지 여부.

【關聯法令】

□ 국세기본법 제14조 【실질과세】 (2007. 12. 31. 제목개정)

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2007. 12. 31. 신설)

□ 국세기본법 기본통칙 14-0…4【공부상 명의자와 실질소유자가 다른 경우】

공부상 등기ㆍ등록 등이 타인의 명의로 되어 있더라도 사실상 당해 사업자가 취득하여 사업에 공하였음이 확인되는 경우에는 이를 그 사실상 사업자의 사업용 자산으로 본다.

□ 법인세법 제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 기본통칙 4-0…7 【법인명의로 등기되지 아니한 자산의 취급】

공부상의 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 본다.