1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

-법인이 임원에게 주주총회 결의를 통해 주식매수선택권을 부여 후 당초 주식매수선택권부여 계약서 약정내용(제0조 “행사가격 등 조정”)에 따라 유상증자로 인한 주가 변동분을 반영하여 행사가격을 조정함

-주식매수선택권 부여 후 유상증자로 인하여 행사가격이 조정되어 당초 행사가격 보다 낮아진 가액으로 권리를 행사한 경우 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제20조제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제20조 【성과급 등의 범위】

① 법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <2009.2.4 부칙>

 3. 다음 각 목의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

  가.「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 「상법」 제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권

  나. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 주식매수선택권

  다. 「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 부품ㆍ소재전문기업이 같은 법 제15조에 따라 부여한 주식매수선택권

○법인세법 시행령 부칙 제8조(주식매수선택권에 관한 적용례)

<제21302호,2009.2.4> (개정 2009.4.21)

제20조제1항제3호 및 제88조제1항제3호ㆍ제6호가목 및 제8호의2의 개정규정은 법률 제9267호 법인세법 일부개정법률 시행 후 최초로 부여받는 주식매수선택권부터 적용하고, 같은 법 시행 전에 부여받은 주식매수선택권에 대하여는 종전의 「조세특례제한법」(법률 제9272호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조를 적용한다. <개정 2009.4.21>

○조세특례제한법 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】- 2008.12.26 삭제-

① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 "부품·소재전문기업"이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "창업법인등"이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 "종업원등"이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 「법인세법」 제52조의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

 1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것

 2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것

 3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것

 4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것에 한한다.

 5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것

 6. 삭제 <2006.12.30 부칙>

③ 삭제 <2006.12.30 부칙>

④ 제1항 및 제2항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 주식의 매수가액이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.

⑤ 삭제 <2006.12.30 부칙>

⑥ 제1항·제2항 및 제4항의 규정을 적용하는 경우 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제13조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】

① 법 제15조제1항에서 "대통령령이 정하는 내국법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인을 말한다.

 1. 창업자 또는 신기술사업자로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 내국법인

가. 「중소기업 창업지원법」 제3조의 규정을 적용받는 업종을 영위할 것

나. 법 제15조제2항제1호에 규정된 사항을 당해 법인의 정관에 기재할 것

 2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 주식매수선택권을 부여할 수 있는 벤처기업으로서 법 제15조제2항제1호에 규정된 사항을 당해 법인의 정관에 기재하고 이를 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3의 규정에 의하여 중소기업청장에게 신고한 내국법인

 3. 「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 의하여 주식매수선택권을 부여할 수 있는 부품·소재전문기업으로서 법 제15조제2항제1호에 규정한 사항을 당해 법인의 정관에 기재한 내국법인

② 법 제15조제1항에서 "대통령령이 정하는 요건"이라 함은 제1항제1호나목의 요건을 말한다.

③ 법 제15조제1항에서 "벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자"라 함은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항 및 「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제15조의 규정에 의하여 주식매수선택권이 부여된 자(개인에 한한다)를 말한다.

④ 법 제15조제2항제1호에서 주주총회의 결의는 「상법」 제434조의 규정에 의한 결의로 하고, 동호에서 이사회의 결의는 「상법」 제391조의 규정에 의한 결의로 한다.

⑤ 법 제15조제2항제2호에서 "대통령령이 정하는 가액"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 규정하는 금액을 말한다.

 1. 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우 : 「증권거래법 시행령」 제84조의9제2항의 규정을 준용하여 산정한 가액과 당해 주식의 액면가액중 높은 금액. 다만, 「증권거래법」에 의하여 자기주식을 취득하여 주식매수선택권을 부여하는 경우에는 「증권거래법 시행령」 제84조의9제2항의 규정을 준용하여 산정한 가액으로 한다.

 2. 제1호외의 경우 : 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조 내지 제56조의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액면가액중 높은 금액

⑥ 법 제15조제2항제5호에서 "벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 10을 말한다.

⑦ 법 제15조제2항제4호 단서에서 "사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 종업원등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우를 말한다.

⑧ 법 제15조제1항·제2항 및 제4항에 따른 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다.

 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

 2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

 3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항제6호의 규정을 적용함에 있어서 동호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

⑨ 법 제15조제1항의 규정에 의하여 창업법인등의 종업원등이 주식매수선택권을 행사하는 경우 당해 창업법인등은 기획재정부령이 정하는 주식매수선택권행사현황신고서를 행사일이 속하는 달의 다음달 10일까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 서면2팀-1085, 2006.06.13

내국법인이 종업원에게 주식매수선택권을 부여한 이후 액면분할로 인하여 수량 및 매수가격이 변동되더라도 매수가액은 조세특례제한법 제15조 제2항 제2호 및 같은법 시행령 제13조 제5항의 요건을 충족하는 경우에 한하여 특례가 적용되는 것으로서,

주식매수선택권행사에 따른 행사이익 계산시 평가기준일 현재 유가증권신고직전 6월부터 한국증권거래소에 최초로 주식 등을 상장하기 전까지의 기간 중에 있는 주식은 상속세 및 증여세법 시행령 제57조 제1항 규정에 따라 평가하는 것이며,

종업원이 퇴직전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사함으로써 얻는 이익은 기타소득에 해당되며 소득세법 시행령 제87조의 [기타소득 등의 필요경비계산] 규정이 적용되지 아니하는 것임

○ 서면1팀-1341, 2004.10.1.

당초 주식매수선택권 부여일 이후 액면분할 · 무상증자 · 유상증자 등으로 인하여 종업원에게 부여한 주식매수선택권의 매입가액이 조세특례제한법 제15조의 특례요건을 충족하지 아니하면 조세특례의 적용을 받을 수 없는 것이며, 귀 질의와 관련된 유사예규를 첨부하오니 이를 참고하시기 바람(서면1팀-1310, 2004.9.21)

○ 서면1팀-1310, 2004.9.21.

무상증자로 인하여 당초 종업원에게 부여한 주식매수선택권의 매입가액 등의 약정사항을 변경한 경우 약정변경일 현재 조세특례제한법 제15조에 규정된 요건의 충족여부에 따라 조세특례의 적용 여부를 판단하는 것임

○ 대법원 2006두5755, 2009.5.28

구 조세감면규제법 제13조의 제1항 제5호 및 구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호 소정의 ’제2호의 규정에 의한 주식의 매입가액’은 과세특례의 범위를 정하는 연간 합계액을 계산하기 위한 것으로서 주식의 실제 매입가액을 의미하므로, 그 제2호 소정의 ’제1호의 규정에 의한 주식의 매입가액’ 역시 주식의 실제 매입가액을 포함하는 것으로 보이는 점 및 구 조세감면규제법 제13조의 2와 구 조세특례제한법 제15조의 입법 취지는 증권거래법 등에 따른 주식매입선택권 제도에 대하여 세제상 지원을 하는 데 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 신주발행에 의한 주식교부 방법으로 주식매입선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익이 구 조세감면규제법 제13조의 2 및 구 조세특례제한법 제15조 소정의 과세특례대상 소득이 되기 위하여는 주식매입선택권 부여 당시의 매입가액은 불론 주식매입선택권 부여 후 그 매입가액을 조정하는 경우에도 주주총회 특별결의와 주식매입선택권의 부여일을 기준으로 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액가액 중 높은 금액 이상일 것을 그 요건으로 한다고 봄이 상당하고, 그 매입가액의 조정이 전환사채의 전환, 유·무상 증자로 인한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다

○ 조심2008중3035, 2008.10.21

(5) 이건의 경우, 처분청은 2000.3.24. 및 2001.4.26.자 주식의 액면분할 및 액면병합으로 청구외 법인이 주식매입선택권을 최초로 부여할 당시(1999.3.30.) 약정한 행사가격 1주당 10,500원이 2000.3.24. 1주당 1,050원으로, 2001.4.26. 다시 1주당 10,500원으로 변경되었으므로 이 날을 기하여 이건 주식매입선택권의 부여 약정이 변경되었다는 의견이나, 2000.3.24. 및 2001.4.26.자 행사가격 변경시 주식매입선택권 부여 약정의 변경 여부에 대하여 주주총회 의결 또는 이사회의 의결을 거치지 아니한 점을 감안할 때 단순한 액면분할 및 액면병합을 당초 주식매입선택권 부여 약정의 변경으로 볼 수 있는지 의문이고, 설사 이 날을 기하여 이건 주식매입선택권 부여 약정이 변경된 것으로 본다 하더라도 조세특례제한법 제15조 제2항 및 같은법 시행령 제13조 제5항의 규정에 의하여 행사가격(주식의 매입가격)과 비교하는 시가(상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액)는 이건 주식매입선택권 최초 부여당시인 1999.3.30. 현재의 시가를 말하는 것으로 해석되며(국심2003중757, 2003.7.4. 참조), 이건 주식매입선택권 최초 부여당시의 시가가 명확히 확인되지는 않으나 당시 약정한 행사가격보다 높지는 않았을 것으로 추정되는 점을 감안할 때, 이건 주식매입선택권은 조세특례제한법 제15조 제2항 제2호에서 규정하고 있는 과세특례요건은 충족한 것으로 보이므로 다른 요건을 충족하지 못한 사실이 확인되지 아니한 이상, 주식의 매입가격을 기준으로 연간 5천만원이 초과되지 아니하는 이건 주식매입선택권 행사이익에 대하여는 조세특례제한법 제15조의 소득세 과세특례를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

○ 국심2003중757, 2003.07.04

(나) 창업법인 등의 종업원이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익중 일정금액(3천만원)한도내의 금액을 근로소득ㆍ사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니하는 경우는 주식매수선택권을 부여하기전에 매수가액 등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것이어야 하고(조세특례제한법 제15조 제2항 제1호), 그 매수가격이 대통령령이 정하는 가액(시가)이상이어야 하며(동법 동조 동항 제2호), 주식매수선택권을 부여 받은날부터 3년(벤처기업의 경우에는 2년)이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것(동법 동조 동항 제4호)이어야 하는 등의 요건을 갖춘 경우에 한하여 제한적으로 적용되는 것으로,

(다) 1999.3.19 주식매수선택권 부여당시 약정한 주당 6,340원인 행사가격을 2000.4.15 주당 5,260원으로 변경하고 ○○○ 등 16인이 실제 변경된 행사가격으로 주식매수선택권을 행사한 이 건의 경우 2000.4.15 행사가격 변경시 주주총회의결 또는 이사회의 의결을 거치지 아니한 점, 변경된 매수가액(주당 5,260원)이 주식매수선택권 부여당시(1999.3.4)의 시가(주당 6,030원) 보다 낮은 점등을 종합해 볼 때 조세특례제한법 제15조 제2항에서 규정하고 있는 과세특례요건을 충족한 것으로 보여지지는 아니하므로 처분청에서 쟁점주식매수선택권 행사에 대하여 과세특례 규정적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.