1. 질의내용 요약

[내용]

 A, B, C법인은 수익사업을 영위하는 비영리 법인으로서 정부정책에 의하여 2000.07.01 구 법인들이 소멸되고 지분플링법의 형식에 의하여 출자금액 그대로 장부가액으로 통합법인(D)에 승계되어 통합버인(D)으로 신설 합병되었음.

 합병시 법인세법 제99조 제2항에 의거 특별부가세가 과세되며, 동법 동조 제11항에 의거 과세이연 내지 이월과세를 적용받을 수 있으나, 소멸된 A, B, C법인은 법인세 과세표준 신고시 가세이연 내지 이월과세 신청서를 제출한 사실이 없음.

법인세법 시행령 제140조 제11항에 의하여 「과세이연 및 이월과세 적용을 받고자 하는 법인은 과세이연 및 이월과세 신청서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.」라고 되어 있으나 분할 및 합병은 1998.12.31 개정시는 없었으며 2000.12.29개정(2001.01.01시행)에서야 삽입되었음. 하지만, 동법 시행령 동조 제10항에 의하면 「조특법 제2조 제1항 제6호 내지 제7호는 법 제99조 제11항의 규정에 의한 이월과세 또는 과세이연을 적용함에 있어서 이를 준용한다.」라고 되어 있으며, 시행령 제140조 제11항의 규정은 문구상으로 보아 과세이연(이월과세)신청서를 제출하는 법인에 대하여 과세이연의 특혜를 부여하는 것으로 되어 있음.

 과세표준 신고시 조특법상 세액의 감면 또는 이월과세(과세이연) 적용시 감면신청서 등의 제출여부는 임의적 사항으로 신청서를 제출하지 않았다 하여 감면적용 등을 배제하지는 않으나, 법인세법상 세액공제 및 과세이연 등을 적용받기 위해서는 과세표준 신고시 신청서 제출이 강제 사항임. 따라서 합병시 특별부가세 납부 문제가 발생하나 과세표준 신고시 과세이연을 받고자 하는 법인은 과세이연 신청서를 제출토록 함으로서 과세이연의 혜택을 부여하고 있음.

[세무상 질의]

 가. 소멸법인 A, B, C법인이 법인세법 제99조의 제11항에 의하여 과세이연(이월과세) 신청서를 제출하지 않음에 따라 특별부가세 과세이연(이월과세)을 적용받을 수 없고 합병(소멸)시점에 모든 토지, 건물에 대해 특별부가세가 과세되어야 하는지, 아니면 정부 정책에 의한 신철 합병이므로 법인세법상 규정과는 달리 이월과세(과세이연) 신청서를 제출하지 않더라도 자동적으로 이월과세 내지는 과세이연이 되어 신설 합병법인이 부동산을 양도하는 시점까지 특별부가세가 이연되는지 여부.

 참고로 회사에서는 막대한 세금 문제 발생에 대비 「각 사업연도의 소득금액 및 과세표준에 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(세무상 유보사항)을 법인세법 제49조 [자산ㆍ부채의 승계 등]에 불구하고 승계할 수 있도록 2000.12.29 조특법 규정을 개정(신설)하고 개정일인 속하는 사업연도부터 동 규정을 적용하도록 개정(신설)함으로서」합병 및 합병 이후의 발생할 수 있는 세무상 문제에 대한 안전장치를 마련하였음.

 나. A법인은 상대적으로 B, C법인에 비하여 외형(매출액)면, 재무구조 측면, 자산 규모 등에서 우월한 위치에 있었으나, 정부정책에 의하여 법 형식상 지분플링법의 형식을 거친 신설 합병이 이루어짐. (즉, 새로운 법인 등록번호, 새로운 사업자 등록번호, 새로운 정관, 새로운 통합법인 출범 등)

  만약, 세무상 질의1에서 특별부가세의 과세문제가 발생한다면, 법 형식은 신설 합병의 형식을 갖추었으나 실질과세의 원칙에 의거 실질적으로는 B, C에 대한 A법인의 흡수합병이 아닌지, 따라서 B, C법인만 과세대상이 되어야 하는지 여부.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제44조 제1항 【합병평가차익상당액의 손금산입】

○ (구) 법인세법 시행령 제140조 제10항