1. 질의내용 요약

1)질의배경

 정부가 기업구조조정 촉진을 위하여 관계부처 협의를 거쳐 방침을 정하여 농업기반공사(1999년 취득당시에는 농어촌진흥공사.2000년01월 01일 농업기반공사로 3개기관이 통합하여 명칭변경 됨)가 ○○건설이 소유하였던 ○○매립지를 매입하여 정부의 「○○매립지 개발계획」에 의하여 ○○공사에 매각하도록 하는 지침에 의하여 매각실무작업을 추진 중에 있으며 이에 대한 세법 적용에 관하여 질의합니다.

2) 사실관계

 가.취득경위

  ㆍ1998년 05월 22일 : ○○건설 53개 채권금융기관 매립지 정부매입건의

  ㆍ1998년 09월07일 : ○○ 건설 매립지 정부매입 요구

  ㆍ1999년 03월 16일 : 경제수석, 재경부,농림부 등 6개부처 장관회의

  ㆍ1999년 03월 25일 : 김포매립지 매입방침 확정 발표(농림부)

   ○매입목적 : 기업ㆍ금융구조조정 지원

   ○매입가격: 6,355억원(1998년 공시지가의 66%)

   ○재원조달:공사체 발행 및 채권은행 차입금

   ○예산 및 회계: 공사의 경영과는 완전 분리하여 처리

    -손실 발생시 정부 재정에서 보전, 이익 발생시 전액 국고귀속

   ※공사의 일반회계와는 분리하여 특별회계를 설치하여 별도의 재무제표 작성 ㆍ1999년 03월 27일: 김포 매립지 매입지시(농림부장관=>공사사장)

  ㆍ1999년 05월31일 : 김포매립지 매입

  ㆍ1999년 08월 18일:소유권 이전등기

 나. 보유 및 관리현황

  ○토지보유현황

  ○회계처리현황

   ○○매립지는 정부방침에 따라 취득당시부터 제3자에게 매각하는 것을 조건으로 매입하여 토지이용계획 수립 및 개발ㆍ이용ㆍ분양을 추진하도록 하였으므로 당해 토지매입비, 토지매입에 다른 차입금 이자, 당해토지 등의 유지관리에 소요된 인건비,세금공과금을 포함한 경비를 재고자산 중 재공품계정으로 계상하였으며, 차입금은 공사채로 구성되어 있으며 중도상환이 불가하며 이에 대한 원금 및 이자는 2004년 07월 31일 만기일시상환임.

○○경제자유구역 지정(○○경제부고시 제2003-19, 1993.08.11)

재정경제부장관은 2003년 08월 05일 경제자유구역위원회(위원장: 재정경제부장관)를 열고 「○○경제자유구역 지정안」을 확정하고 2003년 08월 11일 인천경제자유구역청라지구로 지정ㆍ고시하였으며 ○○매립지 전체토지가 이 지구에 모두 포함되었음.

   *청라지구 : 관광ㆍ레저 및 국제금융

 다. 매각추진계획

  ○청라지구로 지정된 370여만평 중 정부방침에 의하여 이중 313만평은 한국토지공사가 인수하여 국제금융단지ㆍ관광ㆍ레저단지로 개발될 예정이고, 57여만평은 농업기반공사가 화훼단지로 개발예정임

  ○한국토지공사에 매각예정인 313여만평에 대하여는 정부방침에 의한 매각지침에 의하여 그 매도가격 산정시 당해토지의 당초 매입가격 및 차입금이자,제세공과금 관리비를 포함한 금액으로 매각할 것이 결정되어 있으며, 그 추진예정 사항은 다음과 같음

  ○토지매각 계약체결 : 2003년 09월말~10월초(계약금은 10%)

  ○중도금 : 2004년 01월(매각대금 30%)

  ○잔금 : 2004년 07월

  ○소유권이전 및 사용수익 허가 : 중도금 납입 이후

3)질의사항

 사실관계가 위와 같을 경우 다음사항을 질의합니다.

  가. 법인세법 및 조세특례제한법 제43조의2(2003년 제정경제부 세법개정안에는 1년간 연장하는 것으로 확정됨)규정을 적용하여 당해 양도토지(○○매립지)에 대하여 법인세 과세표준 계산시 손금산입하는 차입금이자, 유지 및 관리에 소요된 비용(세금 및 공과금 포함)에 대하여 손금인정시점은 양도시점까지만 인정되는 것으로 알고 있는데 이 경우 매각추진계획(2항목 다목)에 의한 양도시점은 언제이며, 양도일 이후 (공사는 중도금 납입이후로 보고 있음)에 발생되는 당해 토지에 대한 차입금이자에 대하여 당해 양도소득에 대한 부대비용으로 손금산입 가능한지 여부.

  나. 만일, 공사채 이자 및 유지 관리비용(세금공과금 포함)이 당해 토지에 대한 양도소득에 차감되는 손금항목이 아닌 경우에 2004년 07월말까지 발생되는 차입금이자 및 유지관리비용에 대하여 별도의 특별회계로 계속 관리하는 경우, 법인세법 규정에 의한 업무무관비용 등으로 보지 아니하여, 당해 토지에 대한 양도소득과 구분되는 별개의 이자비용 및 부수사업 비용으로 손금산입 가능한지 여부.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제43조의2 제항 【】

○ 조세특례제한법 시행령 제40조의2 제1항 【】