1. 질의내용 요약

○ 당 법인은 의료법에 의한 의료법인으로 비영리법인에 해당합니다.

 1999사업연도 까지는 법인세법 제29조에 의한 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없습니다만, 법인세법시행령 제56조 제6항이 개정되어 2000 사업연도의 결산시 결산조정으로 고유목적사업준비금을 최초로 설정하고 2001. 03월말까지 법인세신고를 한 다음, 2001. 01. 01이후 당 법인이 의료기기를 취득시 고유목적사업에 진출한 것으로 간주하여(구체적인 의료기가와 의료업발전회계의 구분경리는 시행규칙이 없어 아직 모름) 2000 사업연도의 손금으로 계상 할 수 있는지 여부

 갑설 : 손금산입 할 수 있다.

  이유 : 법인세법 제29조의 규정에 의하면 고유목적사업준비금을 설정하면 일정비율을 손금에 산입하고 이후 5년이내에 고유목적사업에 사용하지 아니하면 익금에 산입하기 때문에 법인세법시행령 56조 6항의 개정과 관련 없이 손금산입 할 수 있다. 다만, 1999.12.31이전에 설정한 기준비금은 의료업발전회계로 구분경리 할 수 없기 때문에 손금 산입 할 수 없다.

 을설 : 손금산입 할 수 없다.

  이유 : 의료업은 법인세법상 비영리사업이 아니므로 고유목적사업준비금을 설정하여도 고유목적사업에 사용할 수 없으므로 고유목적 사업준비금을 처음부터 설정 할 수 없다.

   그러므로 법인세법시행령 56조6항의 개정규정 시행일(2001. 01. 01) 이후 설정분만 손금 할 수 있다.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 시행 제56조 제6항 제3호

○ 법인세법 시행 제56조 제9항