1. 질의내용 요약

[질의]

○ 본인은 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자입니다. 따라서 부가가치세 신고시 원재료 매입액은 그 귀속에 따라 매입세액 공제여부를 결정하여야 될 것입니다. 이때 원재료가 영세율을 적용받는 것과 면세의 적용을 받는 것으로 구성되어 있는데, 영세율의 적용을 받는 원재료는 모두 영세율의 적용을 받는 제품의 생산에만 투입되고, 면세의 적용을 받는 원재료는 영세율, 일반세율 그리고 면세의 적용을 받는 제품의 생산에 사용됩니다. 이 경우 현행 부가가치세법상 한 제품의 생산을 위해 원재료의 종류는 같으나 적용세율이 상이한 원재료의 투입이 이루어진 경우에 대한 명확한 규정이 없어 의제매입 세액의 계산 방법에 대하여 다음과 같이 상이란 의견이 있어 질의하오니 회신하여 주시기 바랍니다.(행정심판 청구를 위한 기관관계상 빠른 회신을 바랍니다.)

 ㆍ갑설 : 단순히 당해 과세기간 동안의 원재료 매입액과 매출액의 비에 의하여 원가율을 산정하여 영세율 적용대상 원재료에 의한 제품매출액을 결정한 후 면세적용 원재료에 대한 의제매입세액 공제액은 법이 정한 바에 의한 공급가액의 비에 의하여 산출한다.

  - 이유 : 해당 기업의 제품의 원가율에 대한 자료를 신뢰할 수 없다.

 ㆍ을설 : 제품의 생산과 관련하여 각 제품에 대한 각각의 원가투입자료가 있는 경우 이에 의하여 영세율 적용대상 원재료에 의한 제품생산액을 결정한 후 면세 적용 원재료에 대한 의제 매입세액 공제액은 법이 정한 바에 의한 공급가액의 비에 의하여 산출한다.

  - 이유 : 제품의 생산에 대하여는 어느 누구보다 생산회사가 잘 알고 있었으므로 회사가 실제 생산과 관련된 원가자료가 있는 경우 이에 대한 명백한 하자가 있는 경우가 아닌 경우 이에의하여 원가율을 산정함이 국세기본법 제 16조 규정의 근거과세의 원칙에 부합된다고 할 수 있다.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 부가가치세법 기본통칙 17-62-4 【】

※ 부가가치세 기본통칙 17-62-4 【겸업자의 의제매입세액계산】

1. 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료 여부를 구분하고 차기이월 원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로 영 제61조 제1항 규정을 준용한다.

2. 영 제61조 제1항을 준용함에 있어서 적용하는 산식은 당해 사업장에서 매입한 면세원재료로써 제조가공한 과세재화 또는 창출한 과세용역과 면세재화 또는 면세용역과의 총공급가액에 대한 과세재화 또는 과세용역 공급가액이 차지하는 비율에 다라 의제매입세액 공제대상 원재료를 구분한다.

3. 구분된 의제매입세액 공제대상 원재료의 매입가액으로 의제매입세액을 계산 공제한다.

4. 의제매입세액이 공제된 원재료가 과세재화 또는 과세용역의 원재료로 사용되지 아니하고 면세재화 또는 면세용역의 원재료로 전용(轉用)되는 경우 영 제62조 제2항의 규정에 의하여 전용한 날이 속하는 예정 또는 확정신고시 추가 납부한다.