1. 질의내용 요약

가. 회사의 현황

 ㆍ 회사는 제조업을 영위하던 개인사업자가 1996.01.01. 사업용고정자산을 현물출자방식에 의하여 법인으로 전환한 후 조세감면규제법 제32조(1997.12.13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)의 규정에 의하여 양도소득세를 감면 받았음.

 ㆍ 법인전환에 따라 취득한 주식중 일부는 회사를 성장시키는데 공로가 많은 종업원 등에게 공로주로 증여 하였습니다.(증여세 자진 신고납부)

 ㆍ 회사는 수차례의 유상증자를 실시하여 현재의 자본금이 되었습니다.

 ㆍ 한편, 최근에 국내의 유수한 금융기관으로부터 회사에 지분참여(출자)를 하겠다는 의향서를 접수하였습니다.

 ㆍ 금융기관의 출자 방식에 대하여 두가지 방법으로 검토되고 있습니다.

  -제1안 : 유상증자로 취득한 주식을 금융기관에 매각한 후 유상증자

  -제2안 : 제3자 배정방식에 의한 유상증자(할증발행); 금융기관만 증자 참여

 ㆍ 금융기관의 출자가 이루어질 경우 지분이 변동되어 조세감면규제법 제32조 제6항의 양도소득세 추징 규정이 적용되는지 여부.

 ㆍ 자본금 변동내역 요약

나. 관련규정 검토

 ㆍ 조세감면규제법 제32조 제6항의 양도소득세 추징 규정은 “.....법인전환에 따라 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 전환 후 5년 이내에 처분한 때에는 ...... 추징한다.”라고 규정하고 있습니다.

 ㆍ 회사의 주권은 증자 내용에 따라 구분되어 발행되기 때문에 세법 조항을 문리적으로 해석할 경우 법인전환에 따라 취득한 주식을 50%(5억)이상 만 보유하고 있으면 양도소득세 추징 조항은 해당되지 않는 것으로 검토됩니다.

 ㆍ 따라서 법인전환에 따라 취득한 주식을 50%이상을 보유하고 있을 경우에는, 유상증자한 주식을 처분하여 지분율이 50%이하가 되어도 양도소득세 추징 문제는 발생되지 않는 것으로 판단되며, 제3자 배정방식에 의한 유상증자에 의하여 지분율이 50%이하가 되어도 주식을 처분한 것이 아니기 때문에 양도소득세 추징문제는 발생되지 않는 것으로 사료됩니다.

다. 질의내용

 (1) 유상증자로 취득한 주식을 처분하여 전체 지분율이 50%이하가 되었을 경우, 법인전환에 따라 취득한 주식을 50%이상 보유시 양도소득세 추징 여부

 (2) 제3자 배정 방식에 의하여 유상증자를 실시하여 전체 지분율이 50%이하가 되었을 경우 양도소득세 추징 여부에 대하여 질의합니다.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ (구) 조세감면규제법 제32조