사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 등을 원재료로 하여 제조, 가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우 부가가치세를 면제받아 공급받은 면세농산물 등은 의제매입세액으로 공제하는 것임

1. 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물, 또는 임산물을 원재료로 하여 제조, 가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받아 공급받은 면세농산물 등의 가액에 103분의 3을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하는 것이며 식당을 운영하는 사업자가 면세로 공급받은 고기, 쌀은 면세농산물 등에 해당하는 것임. 2. 이 경우 의제매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 부가가치세법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별 계산서합계표 또는 소득세법 제163조 또는 법인세법 제66조의 규정에 의하여 교부받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농, 어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 총리령이 정하는 의제매입세액 공제신고서와 관계증빙서류)을 부가가치세 신고서와 함께 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것임.