1. 질의내용 요약
가. 1996년 12월 15일에 ○○○○공사(이하 “공사”)라 함)로부터 공사의 “통합정보시스템 구축용역사업”을 총 공급가액 257억원에 일괄인도방식(일명 “ Turn-key방식”)으로 수주하여 지난 12월 02일에 공급계약을 체결한 바 있습니다.
나. 동공급계약 체결시 당사는 공급부문별로 과세 또는 비과세 여부를 명시해 달라는 공사의 요청에 따라 공급계약서를 마지막에 첨부된 공급부문별 공급가격표에 부가가치법(이하“법”이라 함) 시행령 제35조 제2항 (라)목에 해당하는 시스템 분석 및 프로그램 개발용역 부문(이에 해당하는 공급가액은 총 88억9천만원 정도임)은 비과세임을 명시적으로 규정하게 되었습니다.
다. 동 공사에서는 비록 동계약이 Turn-key 방식으로서 단일계약으로 체결되었으나, S/W 개발용역대금과 시스템 장비의 공급대금이 명확히 구분되어 있고 동용역이 시행령 제35조 2항(F)목의 “전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발용역”에 해당하여 면세요건을 충족하고 있으며 이와 같은 내용은 관할세무서(○○지방)의 담당자 구두로 확인까지 해 주었다고 설명하고 있습니다.
라. 이와 관련하여, 당사는 위의 공사측에 설명이 현행 부가세법의 혜택상 부합하는지 여부에 대하여 본건 공사와 체결한 “공급계약서”를 유첨하여 질의하오니 회신하여 주시기 바랍니다. 한편 추가적으로 필요한 사항이 있는 경우 사시라도 연결주시기 바라오며, 동계약 제32조(비밀준수)에 따라 계약상대방인 공사의 명칭을 직접 언급하지 않은 점을 널리 양해해 주시기 바랍니다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)