1. 질의내용 요약
○ 갑은 1996.05.22일 ○○시 ○○구 ○○동 174-11번지 해암빌딩2층에 갑을 대표 이사로 하여 (주)○○를 설립, ○○세무서에 업종을 제조 수산물 가공으로 사업자등록을 하였고 1996.08.29일 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 79-1번지에 공장용지 및 공장건물을 취득하여 제조 수산물 가공을 하여 오다가 판로부진 및 자금사정으로 도산 위기에 처하여 부득이 영업경험 및 수산물 가공 기술이 있는 을에게 양도하기로 하였으며, 을은 1996.12.19일자 상기 ○○시 ○○면 ○○리 79-1번지에 업종을 제조 수산물 가공으로 상호를 ○○산업으로 관할세무서인 ○○세무서에 사업자등록을 하였으며, 1996.12.26일자 (주)○○로부터 공장내 기계시설, 완제품 원재료 매입에 대한 부가가치세를 환급받았으나, 세무서 당국에서는 부가가치세 현지 환급조사시 공급자인 (주)○○가 법인이며 본점 소재지와 제조장이 각기 다른 세무서 관할에 위치하고 있고, 본점소재지와 제조장 소재지가 다른 경우 제조장 소재지를 사업장으로 하여 별도의 지점 사업자등록을 하여야 하며, 제조장에 소재한 공장설비, 원재품, 원재료 등을 매각하는 경우 지점 제조장을 공급하는자로 하여 세금계산서를 발행교부하여야 하는것이므로 상기 제조장이 미등록되어 있고 (주)○○ 본점을 공급자로 한 세금계산서는 부가가치세령 제17조 제2항 1의 2호 규정에 의한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 환급세액을 추징한다는 통지를 받았습니다. 인수 당시 부동산매매 거래는 모두 본사에서 이루어졌고 ○○시 ○○면 소재 공장은 가동중단 상태로서 을이 확인 할수있는 것은 갑의 사업자등록증과, 법인인감증명, 공장시설 상태만 보고 계약을 체결하고 세금계산서를 수취하였습니다.
지점법인의 재산은 본점재산으로 인식되고 양수자인 을은 본점 법인재산을 본점에서 당연히 세금계산서가 발행되는 것은 기정사실로 생각하여 수취하였으므로 양수자인 을은 부가22601-1302,1986.07.02 유권해석에 의거 매입세액 환급은 정당하다고 보며, 본사와 공장 등 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 거래함에 있어 계약발주대금 등 본사에서 이루어지는 경우 세금계산서는 본사 또는 공장 어느 쪽에서도 교부할수 있다는 (소비22601-33, 1989.01.17) 유권해석이 있습니다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)