1. 질의내용 요약
[현황]
당사는 1991∼1995년까지 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용될 건물을 신축하였고 그 과정에서 사업목적(정관 및 등기부등본, 사업자등록증)상 명백히 일정비율의 면세매출이 발생될 것이 예상되었음에도 공통매입 부가가치세를 안분계산하지 않고 전액 공제받은 바 있음.
[질의사항]
이러한 상황에서 부가가치세를 추징당하여야 하는 바, 관련 법규 적용이 무엇인지 여부.
즉, 부가가치세법시행령 제61조 (매입세액의 안분계산)와 부가가치세법 제6조 및 동법시행령 제15조 (자가공급) 면세전용의 일부로 보아 동법시행령 제49조 제2항(과세표준의 안분계산)의 규정 중 어떤 것을 적용하여 부가가치세를 추징당하여야 하는지 여부.
[추가 질의사항]
가. 매입세액 안분계산 규정을 적용하면 신축당시 세금계산서 교부금액 즉, 부가가치세를 전액 공제받았던 금액에 대하여 일정기준(면적비율 또는 매출비율)을 적용하면 될 것이나, 자가 공급규정에 해당되면 부가가치세법시행령 제49조 제2항에 의거 건축물의 취득시 부대비용(설계비, 인건비, 취득세, 등록세 등)을 모두 포함한 금액을 과세표준으로 보아 일정기준의 안분계산하여야 하므로 각각의 적용방법에 따라 큰 금액차이가 발생하게 되므로 의문임.
나. 상기의 자가공급(면세전용) 규정을 적용하더라도 매입세액 안분규정과 같이 실지귀속이 명확한 분은(예 층별로 사용현황이 명확히 구분되어 있음) 건축물의 총취득가액에 대한 층별 면적비율에 따라 과세, 면세분을 먼저 구분계산하고 실지 귀속을 구분할 수 없는 층별 취득가액에 대해서만 총 공급가액에 대한 면세공급가액 비율로 안분계산 하는지 여부.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)