1. 질의내용 요약
정부기관인 ○○지방국토관리청(이하 “갑”이라한다)에서 ○○댐 계통광역상수도시설을 건설하여 국유재산법 제21조의 2 규정에 의거 별첨과 같이 한국○○공사(이하 “을”이라 한다)와 관리위탁 계약을 체결하여 “을”이 관리하고 있습니다.
위 광역상수도시설은 향후 “을”에게 수도시설관리권이라는 형태로 현물출자될 예정으로 있으며, 출자되기 전까지는 국유재산인 위 시설을 “을”이 계속 수탁관리하게 됩니다.
“을”은 이 시설을 관리하기 위하여 현장사무소인 ○○수도사무소를 개설하여 시설관리 및 수돗물을 공급하고 수용가(○○시,○○시,○○시,○○군)로부터 용수요금을 월별로 징수하여 수탁시설물의 관리,운용비용에 충당하고 있으며, 회계연도말에 국유재산 관리청인 “갑”과 정산(위탁범위외의 지출여부, 용도외의 지출여부등)하여 시설물 관리위탁료를 확정하도록 되어 있습니다.
정산시 수탁자산 관리, 운영비를 초과하는 수익금이 발생하는 경우는 “갑”에게 반납하고, 초과비용이 발생하는 경우는 “갑”으로부터 그 차액을 지급받로고 되어 있읍니다.
[질의1] 부가가치세 과세대상여부
위 관리위탁계약에 의거 “을”은 수용가로부터 용수요금을 징수하여 시설물 관리, 운영비에 우선 충당하고 연도말 “갑”과 정산하는 경우에 “갑”으로부터 부가가치세를 거래징수하여야 하는지
(갑설) 정부와 정산한다하더라도 사실상 수돗물 공급이기 때문에 부가가치세법 제12조1항2호의 규정에 의거 부가가치세를 거래징수하지 않는다.
(을설) 비록 수돗물 공급이라 하더라도 “을”이 “갑”에게 시설물 관리 용역을 제공하는 것이기 때문에 부가가치세를 거래징수하여야 한다.
[질의2] 세금계산서 교부시기
위 관리위탁계약이 만일 부가가치세 과세대상이라면 세금계산서 교부시기는?
(갑설) 수용가로부터 용수요금을 받을때 교부한다.
-> 수용가로부터 용수요금을 월별로 받아 “을”의 관리, 운용비용으로 사용하고 있고, 이는 “갑”으로부터 선수금을 받은 상태로 볼 수 있기 때문에 부가가치세법 시행령 제22조 제2호 및 시행규칙 제9조를 적용해야 하기 때문이다.
(을설) 정부와 정산시기에 교부한다.
-> “을”이 수용가로부터 용수요금을 징수하는 행위는 시설물관리용역내용의 일부일 뿐이며, 정부와 연말 정산시에 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되며, 매월 수용가로부터 받은 용수요금은 관리용역 정산금액에 충당하므로 부가가치세법시행령 제22조 제3호를 적용해야 하기 때문이다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)