1. 질의내용 요약
○ ○○시 ○○구 ○○ 5가 ○○번지 소재 대지 347.1m 위지상 5층 건물을 임대업을 영위하다가 동 건물을 1995.09.04일 (주)○○의 재개발 사업 계획에 의해 토지금액 3,691,500,000원, 건물가액 35,000,000원(부가가치세 \3,500,000)에 매매하고 건물분에 대하여 세금계산서를 발행한바 있습니다.
○ 부가가치세 폐업 확정신고와 관련하여 건물분에 대한 부가가치세 과세표준 계산시 다음과 같은 의문사항이 있어 질의함.
첫째, 본인이 양도한 건물은 40년 이상된 건물로 (주)○○에서 재개발 철거하는 관계로 건물 자체로는 전혀 가치가 없어 부동산 매매계약서 사본과 같이 건물분에 대하여는 내무부 시가표준액 및 장부가액과는 별도로 (주)○○와 협의하여 토지와 건물가액을 별도로 체결하였고, 또한 건물분에 대하여는 세금계산서를 발행한 것으로 부가가치세법 시행령 제48조의 2에 규정하는 실지거래가액으로 보아 건물분에 대한 폐업 확정신고는 적법한 것으로 본다.
둘째, 토지와 건물을 구분하여 매매계약을 체결하고 세금계산서를 별도로 발행하였다하더라도 시가과세표준액과 차액이 많은 경우 그 토지 및 건물가액을 불분명한 것으로 보아 건물분에 대하여 내무부시가과세표준액으로 안분계산한 가액을 과세표준액으로 하여야 한다.
셋째, 토지와 건물을 구분하여 매매계약을 체결하고, 세금계산서를 별도로 발행하였다 하더라도 건물가액이 시가과세표준액과 차이가 많으므로 토지 및 건물가액을 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 2호의 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 건물의 과세표준으로 한다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)