1. 질의내용 요약

[사실관계]

 A사는 B사와의 도급계약에 의하여 임대용 건물을 신축한 후 동 건축비 충당을 위하여 B사에 10년간 장기임대하고 B사는 10년간 임대사업을 수행하여 얻은 이익으로 공사미수금의 일부를 충당하는 계약을 체결하였는 바, 이의 구체적인 내역은 다음과 같습니다.

  1) 본건 임대용 건물의 내용

   - 소유주: A사

   - 시공자: B사

   - 공사비: 390억원

  2) 공사비 부담

   공사비 전액을 B사가 선부담 후 10년간의 임대권리취득

  3) A사가 B사와의 장기임대차 계약 현황

   - 임대차기간: 10년

   - A사가 B사로부터 10년간 수취하는 임대료: 124억

   - 공사비 상환 방법

    ○ 임대차 기간이 종료되는 시점에 A사가 B사에 지급할 공사비 금액 : 140억원

    ○ 총 공사비 390억원중 A사가 B사에 장기임대함에 따른 대가로 지급의무가 없는 금액(즉, A사가 B사에 장기임대함으로 인해 10년간 인식할 임대료 성격임) : 250억원

    ○ 총공사비 : 390억원

   - A사와 B사간에 직접수수되는 임대차보증금 : 없음

   - 상기 계약조건들(A사가 B사로부터 10년간 수취할 임대료 124억원 및 장기임대차기간 종료 후 A사가 B사에 지급할 공사비 140억원)은 B사의 임대사업수행 성과에 관계없이 계약시점에 확정됨.

  4) A사와 B사의 장기 임대차 계약 종료 후의 운영방법

   장기임대차계약이 종료되는 시점에 A사가 B사로부터 계약 물건을 인수하여 독자적으로 임대사업을 수행함.

[질의사항]

 위와 같은 계약 하에서 A사와 B사의 임대차계약 종료시점에 A사가 B사에 총공사비중 140억원을 지급하게 되는 바, 동 금액이 A사와 B사의 장기임대차계약중 부가가치세법 시행령 제49조의 2 제1항에 규정하는 임대보증금으로 보아 부가가치세 간주임대료 과세대상이 되는지의 여부에 대하여 다음과 같은 설이 있어 질의합니다.

  1) 갑설: A사와 B사간의 장기임대차계약기간이 종료되는 시점에 A사가 B사에 지급할 공사비잔액 140억원은 국세기본법 제14조(실질과세) 제2하으이 실질과세원칙상 실질적으로 임대보증금으로 소비대차 전환된 것으로 보아 A사는 동 임대차기간 중 140억원에 대한 간주임대료를 납부해야 한다.

   이유: B사가 선부담한 공사비 390억원중 A사가 장기임대차기간 종료시점에 B사에 지급할 140억원과의 차액 250억원은 A사가 장기임대차기간중 인식할 임대료성격이나, 장기임대차기간 종료 후 A사가 지급할 잔여공사비 140억원은 장기임대차기간동안 변하지 않는 금액으로서 사실상 A사가 B사에 본건 건물을 임대해 준 대가로 지급이 지연된 것으로서 사실상 임대보증금 성격으로 볼 수 있습니다.

즉, 동 140억원은 국세기본법상의 실질과세원칙에 의할 때 공사비 대가가 임대보증금으로 소비대차된 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제49조의 2 제1항의 규정에 의한 간주임대료 과세대상이 되는 것으로 보는 것이 타당하다.

  2) 을설: A사가 장기임대차 기간 종료 후 B사에 지급하는 공사비 잔액 140억원은 미지급공사비로서 부가가치세 간주임대료 과세대상이 아니다.

   이유: 첫째, 동140억원은 공사비 미지급금으로서 임대보증금이 아니다.

비록 A사가 현재 B사에 의해 투자된 140억원에 대한 이자를 장기임대차 기간 중 별도로 지급하고 있지 않지만, A사는 B사에 장기임대권을 부여함으로써 동이자성격은 이미 반영되어 있다고 보아야 한다. 따라서 동 140억원은 이자가 발생하지 않는 임대보증금이 아니라 단순한 공사비 미지급금 성격이다.

둘째, 임대보증금에 대한 간주임대료 규정인 부가가치세법 시행령 제49조의 2 제1항은 “사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 q다는 경우에는...”이라고 하고 있는 바, 동 140억원에 대하여는 A사가 B사로부터 실제 받은 금액이 아니므로 간주임대료 과세대상이 아니다.

셋째, 동 계약과 관련된 아래와 같은 A사의 회계처리를 보더라도 임대보증금은 표시되지 않으므로 간주임대료 과세대상이 아니다.

(A사 회계처리 예시)

 -공사완료시

  (차) 건 물 XXX억 (대) 공사미지급금 390억

                            기 타 XX억

 - A사의 B사에 대한 임대개시시점

  : 동 시점에서는 임대보증금 등 수취가 전혀 없으므로 회계처리 없음.

 - 장기임대차기간(10년)중 A사가 인식할 임대료(총액기준)

  ○ 10년동안 A사가 B사로부터 실제 수취하는 임대료 124억원에 대한 회계처리

  (차) 현금예금 136.4억 (대) 수입임대료 124억

                                 예수부가가치세 12.4억

  ○ 공사 미지급금 감소액 250억원을 임대료로 인식하기 위한 회계처리

  (차) 공사미지급금 250억 (대) 수입임대료 250억

       현금예금 25억 예수부가가시체 25억

 - 장기 임대차 기간 종료시

  ○ A사가 B사에 지급할 공사비 미지급잔액 140억원에 대한 회계처리

   (차) 공사미지급금 140억 (대) 현금예금 140억

  ○ B사와의 장기임대차계약종료 후 A사가 독자적인 임대사업수행시점(제3의 임차인들과 임대차계약 체결하고 임대보증금 수취)

   (차) 현금예금 XXX억 (대) 임대보증금 XXX억

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 시행령 제49조의2 제1항 【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】