1. 질의내용 요약
<매입세액 공제에 대한 질의>
1. 사실의 개요
가. 본인이 근무하는 회사는 연탄제조업을 하는 회사 (이하 ‘갑회사’라 한다) 1993.10.01. 여러사업장에서 석유류 도매업을 영위하는 회사 (이하 ‘을회사’라 한다)를 흡수합병하였으며, 흡수합병된 ‘을회사’는 귀청으로 부터 기왕 부가가치세 총괄납부 승인을 받은 회사이나, 흡수합병으로 인하여 총괄납부 승인의 주체가 변경되었으므로 당초 ‘을회사’의 주사업장을 ‘갑회사’의 주사업장으로 하여 1993.11.24.별도의 총괄납부 승인 신청을 주된 사업장 관할세무서장에 제출하였으며 1994.02.14.에 1994.2기분 부터 총괄납부를 적용한다는 총괄납부 승인을 귀청으로 부터 받았습니다.
나. 이 과정에서 본인은 총괄납부 승인 신청을 하였기 때문에 ‘갑회사’는 면세사업자이고 주된사업장은 당초 ‘을회사’의 소재지 이기때문에 이를 총괄납부 변경신청으로 착각하여 귀청 부가 1265-925(1984.05.15)의 예규에 따라 주된사업장에서 종된 사업장으로 석유류를 공급할때 세금계산서는 교부하였으나 이를 예정 또는 확정신고시에 정부에 제출하지 않고 각 사업장에서 거래의 증빙서류로 보관하면서 매입세액으로 공제받지 않고 매출세액에 따른 부가가치세는 종된 사업장에서 납부하고, 주된사업장에서는 매입세액에 대한 환급세액만 발생하였습니다. (즉 매출은 종된 사업장에서 계상하고 매입은 주된 사업장에서 계상함)
다. 그후 1994.09.01. 주된 사업장 관할세무서의 부가가치세 경정조사시 총괄납부 승인 기간전인 1993.2기와 1994.1기에 주된 사업장에서 종된 사업장으로 공급한 석유류는 내부거래가 아닌 주된 사업장의 공급가액이므로 이 공급가액을 주된 사업장의 매출누락으로 보아 1994.09.16 부가가치세를 고지 하였습니다.
이에 따라 본인은 1994.09.28 종된사업장 관할 세무서장에게 주된사업장에서 교부 받아 거래의 증빙으로 보완하고 있던 매입세액을 공제받지 아니한 매입세금계산서를 첨부하여 1993.2기와 1994. 1기의 매입세액을 공제 받기 위한 부가가치세 수정신고를 하였습니다.
2. 질의 내용
가. 1993년 2기분 부가가치세 매입세액의 환급
갑설 : 1993.2기분 부가가치세 수정신고는 국세기분남 제45조 제1항 제1호의 규정에 의하여 1994.07.25까지 하여야 하므로 수정 신고기간 경과후 제출한 수정신고는 적법한 수정 신고가 아니므로 매입세액을 공제할 수 없다.
을설 : 1993.2기분 부가가치세 수정신고는 1994.07.25.까지 하여야 하나 부가가치세법 시행령 제60조 제1항 제2조의 규정에 의하여 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우는 매입세액을 공제 받을 수 있다.
나. 1994년 1기분 부가가치세 매입세액의 환급
갑설 : 1994년 1기 부가가치세 수정신고는 적법한 기한내 신고하였으나 주된 사업장의 경정결과에 따를 수정신고이므로 국세기본법 제49조 및 동법 제50조 단서 규정에 따라 적법한 수정신고가 아니므로 매입세액을 공제할 수 없다.
을설 : 부가가치세는 사업장별로 과세하므로 주된사업장이 경정을 받았다 하더라도 종된사업장 관할세무서장에게 신고된 1994.1기 부가가치세 수정신고는 적법한 수정신고이므로 매입세액을 공제 받을 수 있다.
<수정신고 및 환급여부대한 질의>
1. 사실의 개요
(1) 본사에서 지점으로 상품 인도시 세금계산서 발행
(2) 총괄납부신청하여 1994년 2기 부터 총괄납부 해당
(3) 본사에 1994년 9월 2일 관할 세무서에서 부가세 환급조사
(4) 환급조사시 총괄납부사업자가 아닌데도 불구하고 (1994년 2기부터 총괄납부) 내부거래에 대한 무신고한 부분에 대하여 가산세 추징
(5) 1994년 9월 28일 지점관할 세무서에 매입세액 공제분 수정신고
2. 질의내용
(1) 수정신고 가능 여부
(2) 매입세액에 대한 환급여부
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)