1. 질의내용 요약
가. 당사 및 ○○동지역주택조합, ○○직장주택조합이 공동 시행한 ○○시 ○○구 ○○면 ○○번지 외 17필지 상에 건립한 ○○그린아파트 준공시점에 이르러서 지적정리를 하다보니 발생한 문제점에 대하여 의문사항이 있어 질의합니다.
나. 아파트 사업부지내에 토지등기부상 당사소유의 지번이 12필지, ○○동지역주택조합 소유의 지번이 3필지, ○○직장주택조합 소유의 지번 2필지를 가지고 공동사업을 시행한 사업장인데, 준공이 이루어졌을때 아파트 입주민에게 대지지분 소유권 이전등기를 하여 주어야 하는데 당사에서 첫사업을 실시하는 사업장이다보니 경험부족 및 업무미숙으로 당사에서 분양한 입주민에게 지분등기를 하여 주어야할 면적과 조합에서 조합원들에게 지분등기를 하여 주어야할 면적이 일치가 되지 않았습니다.
다. 사업부지내 당사소유 대지지번 합계면적이 당사에서 분양한 입주자에게 대지지분 등기를 하여 주어야할 합계면적보다 약 400㎡ 정도가 부족하며, ○○동지역주택조합및 ○○직장주택조합이 소유하고 있는 지번별 합계면적이 조합원에게 대지지분 등기를 하여 주어야할 면적보다 약 400㎡ 정도가 남았습니다.
라. 공동시행자로서 상호 업무협조를 하고있는 관계로 시행자별 소유지분이 중요한 것이 아니고 조속한 시일내 준공을 득하여 입주민에게 소유권이전 등기를 하여 주어 권리행사를 할수 있도록 하여주는것이 우선이라고 보고 지번 합필을하여 소유지분에 관계없이 ○○그린아파트 입주자에게 지분등기를 하여주려고 하니 등기법상 한사업장내에 공동시행자라도 필지마다 각각의 소유자가 틀리면 지번이 합필되지 안았습니다.
당사로서는 할수없이 지역 및 직장조합으로부터 당사에서 부족한 대지지분을 지역 및 직장조합으로부터 소유권 이전등기를 하기로 하였는데
마. 이런경우에 지역 및 직장 조합앞으로 당사로 소유권 이전등기 되는 면적에 대하여 양도소득세가 부과된다고 하는데 당사에서 생각하기에 양도소득세는 양도한 물건에 대하여 양도차익이 발생하였을때 차익에 대하여 부과되는걸로 알고 있습니다. 조합같은 경우에는 실질적으로 영리를 목적으로 하는 기업체도 아니고 단지 조합원들이 내집마련을 하기 위하여 일시적으로 설립한 단체로서 조합에서 당사에 부지를 양도한다고 해서 이윤을 추구하는것도 아니고 실질적으로 이윤이 발생하지 않았습니다. 그런데 조합이 부지구입을 한 당시의 공시지가와 양도시기의 공시지가 차이가 그의 5배정도로 양도시기의 공시지가가 인상 되었습니다. 실질적으로 양도차익이 전혀없는데 서류상으로는 양도차익이 엄청나게 발생이 됩니다. 실질적 과세 기준에 따라 조합원으로 양도소득세가 부과되는것은 형평에 맞지않는다고 생각이되어 귀청에 질의를 드리며
바. 한사업장내 공동시행자가 준공시점에 지번 합필을 할려고하니 지번이 쪼개어져있어 한번지로 합필이 되지않아 지분소유를 사업부지 필지마다 공공시행자가 같은비율의 공유지분을 소유하게되면 한번지로 합필이 되는데 이런경우에도 조합과 당사간에 같은면적의 지분을 상호 교환을 하여야 하는데, 교환은 당사와 조합간에 아무런 이윤 없이 업무상의 상호협조 관계로 이루어 지는데도 양도소득세 부과대상이 되는지의 여부
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)