1. 질의내용 요약

국내지점이 있는 일본법인과 선박용엔진 기술도입계약을 체결하고 동 기술에 의한 생산제품 판매실적에 따라 Running Royalty를 지불할 것을 약정한 경우, 동 기술대가 지급시 다음과 같은 이견이 있어 질의하오니 회신하여 주시기 바랍니다. (단, 일본법인의 국내지점은 동 기술도입에도 실질적으로 관여를 하지 않고, 동 기술도입에 따른 모든 행위를 일본법인 본점과 직접 거래하고 있음)

(갑설) 원천징수로서 모든 납세의무는 종결된다.

이유: 법인세법 제55조 제1항 제9호 (나)의 규정 및 한일조세협약 제11조의 규정에 의거 당해 기술도입은 일본법인의 국내지점이 실질적으로 관여하고 있지 않으므로 원천징수 하여야 하며(법인세법 기본통칙 6-1-30...54, 6-1-28...56 관련)

 부가가치세법 제34조의 규정에 따라 법인이 당해용역을 과세사업에 제공할 경우 대리납부 의무도 없다고 사료됨.

(을설) 원천징수 및 세금계산서교부를 동시에 이행해야 한다.

 이유: 상기 갑설에 의거 원천징수는 해야 하나 별도로 부가가치세법시행령 제18조 3항의 규정에 의거 부가가치세 과세대상 용역이므로 일본법인의 국내지점은 세금계산서를 교부해야 한다.

(을설) 세금계산서를 교부해야 하며 일본지점은 종합과세 법인세 납세의무가 있다. (원천징수 비과세)

 이유: 법인세법 제55조 제1항 5호의 규정 및 한일조세협약 제6조의 규정에 의거 일본법인의 모든 소득은 한국내 일본지점에서 납세의무가 있으므로 세금계산서 교부는 하되 원천징수는 제외하는 종합과세 방법을 따라야 한다.