1. 질의내용 요약
○ 1983년도에 대구시 ○○구 ○○동 ○○호에 584.8평방미터를 5명의 성도들이 현금을 구입하고 180평방미터의 교회당과 100평방미터의 사택을 건축하여 대한 예수교 장로회 ○○교회 명의로 등기하였습니다. 10년이 지나도 교세확장이 되지 않고 건축에 따른 부채와 이웃주택과 마찰로 인하여 교인총회를 열어 현재교회당을 매도하여 부채를 정리하고 예배장소와 목사 사택은 임시로 임대하여 있기로 하고 교회당 부지는 변두리 땅을 매입하기로 결의하고 현재 교회당을 주택건축업자에게 1994년 03월 15일부로 매도하였습니다.
○ 교회당을 매도하기전 대구고유목적으로 사용할 경우 양도소득세에 해당되지 않는다는 확답을 받았습니다. 매도후 동대구 세무서 민원실에 찾아가서 매도한 사실을 알렸더니 등기부등본, 종교단체 등록증, 건축물 대장등본, 토지 대장등본, 대표자 주민등록등본을 가지고와서 법인세과에 신고하라고 하기에 이상의 서류를 준비하여 법인세과에 신고하러 갔으나 교회는 법인으로 보지 않는다면서 재산세과로 가라고 했습니다. 다시 재산세과 담당자에게 이 사실을 말하면서 서류를 접수 했으나 교회당을 개인으로 받아 본적도 없고 세법상 양도 소득세 대상이 아니므로 법인세과 담당이라면서 서류를 가져가라고 연락을 받았습니다. 다음날 서류를 찾아서 법인세과로 갔더니 첨부한 “종교단체 노동조합의 고유번호 부여업무”에 관한 하달문을 복사하여 주면서 법인으로 처리할 수 없다고 하였습니다.
○ 국세기본법 제4절 제13조와 민법 31조에 의하면 교회는 법인으로 본다고 했습니다. 저의 교회당의 경우 법인세과에 신고하고 교회당 부지를 매입하여 계속 종교활동을 할 수 있는지 아니면 개인으로 보아 재산세과에 신고하여 양도소득세를 내고 종교활동을 포기해야 하는지 여부
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)