1. 질의내용 요약
[개요]
○ ○○연구소는 국방에 필요한 병기 장비 및 물자에 관한 연구개발사업을 효율적으로 수행하기위하여 설립(법률 제2258호, 1970.12.31)된 연구기관으로 모든 예산은 전액 정부출연금으로 운영하고 있는 특수 법인입니다.
○ 따라서 ○○은 그동안 법인세, 취득세, 업무용 재산세 등의 제세금이 비과세되고 있으나, 동연구소의 정부출연금을 금융기관에 예탁시 발생된 이자수입에 대하여 1989년 관할 세무서가 변경(○○세무서 -> ○○세무서) 된 후 1990년도분 부터 이자 수입에 대한 법인세가 부과되어 현재까지 납부하고 있습니다.
○ 특히 본 정부출연금예탁 이자수입에 대하여는 ○○에서 정부승인을 받아 다음년도 연구지원사업에 전액 재투자하고 있어, 법인세를 부과하는 것에 대한 문의 사항입니다.
○ 한편, 1994.05.04일 감사원으로부터 ○○연구소의 정부출연금 예탁이자 수입에 대한 법인세 원천징수액은 환급(법인세법 제12조 4항 및 동법시행령 제42조 제3호) 대상으로 이를 환급조치하지 않은 사유를 질문하여 온바있어, 향후 업무수행을 위해 질의함.
[질의]
1. ○○연구소의 정부출연금을 금융기관에 예탁시 발생한 이자수입에 대한 법인세 비과세 가능여부
2. ○○연구소의 정부출연금을 금융기관에 예탁시 발생되는 이자수입에 대한 법인세 원천징수액이 법인세 법령상 환급대상에 해당되는지 여부
3. 법인세 법령상 환급대상이 된다면 기 납부된 이자소득의 법인세 원천징수액을 소급하여 환급받을 수 있는지 여부.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)