1. 질의내용 요약

가. 본인은 주택신축판매업자로서 경기도 ○○시 ○○동 ○○번지 토지 539mdn위 지상에 다가구주택을 건축하게 되어 ○○서장에게 부가가치세 일반과세자로 사업자등록을 마쳤습니다.이 주택의 건축 시공은 주택건설촉진법에 의하여 등록한 주택건설업자인 법인에게 도급을 주어 93년 말에 공사가 완료되고 준공검사를 마쳤습니다.

나. 83년도에는 주택판매 실적이 없는 관계로 부가가치세 매출세액은 없으며 법인으로부터 건설용역 제공분 부가가치세 매입세금계산서를 수취하여 93년 1기 부가가치세 확정신고때 환급 신고하여 환급을 받았으나 93년 2기 확정신고 때에도 역시 환급 신고한 결과 ○○서에서 환급을 거부하고 있습니다. 새롭게 개정된 조세감면규제법 제100조 제1항 및 동법 시행령 제96조 제1항과 제63조 제2항이 신축한 주택의 판매공급은 부가가치세 면세로 적용받게 되었습니다.

다. 조세감면규제법의 동 개정규정은 동법 부칙 제9조에서 94.1.1 이후 최초 공급분터 적용한다고 되어 있는데 이처럼 소급 적용이 가능한 지 궁금합니다. 그리고 이 법이 개정되면서 국민주택 범위에 해당하는 다가구주택의 건설용역도 면세공급으로 바뀌어 건설업자로부터 용역을 제공 받을때 거래징수되는 부가가치세도 없게 되었습니다. 그렇다면 과세관청이 다가구주택공급과 관련 매입세액불공제로 개정세법율 소급 적용시킨다면 다가구주택 건설용역분도 면세로 소급시켜 법인이 거래징수하여 납부한 부가가치세도 과세 대상에서 제외시켜 환급하여 주어 납세자 상호간에 부가가치세를 반환 정산할 수 있도록 해주어야 타당하지 않는지요?

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세감면규제법 제100조 제1항

○ 조세감면규제법시행령 제96조 제1항

○ 조세감면규제법시행령 제63조 제2항