1. 질의내용 요약

○ 주택건설업체로 아파트 신축분양하기 위해 1988.09.09 토지소유자로부터 취득하여 1989.03.11 허가 관청으로부터 국민주택 규모 이하 신축을 62%로 허가를 득하여 토지 양도자의 양도소득세 신고기한내 조세감면규제법 제62조 제1항 및 동법 시행령 제50조의 규정에의 당 법인이 감면신청을 당초 허가대로 감면비율 62%로 신청하여 양도소득세 감면적용 받았습니다.

○ 그러나 당 법인이 아파트 신축중인 1992.10.01 사업계획변경을 허가관청으로부터 받았습니다. 변경된 허가는 국민주택 규모 이하가 80%로 변경하였으며, 이 허가대로 당 법인은 이 아파트 공사를 1993.06.04 준공하였습니다. 아파트 준공후인 1993.08.13 토지 양도자의 관할세무서에 국민주택 신축 비율 80%로 조감법 시행령 제50조 10항 규정대로 세액면제 받고자 신청하고 양도자는 양도소득세 환급 신청을 하였습니다. 국민주택 신축이 당초보다 변경 준공 부분이 18% 증가된 부분에 대해 양도소득세 환급 여부에 대해.

 (갑설)

  - 양도소득세 확정신고 및 수정신고 기한이 경과 되었으므로 변경전 사업 계획에 의거 감면 비율이 증가 되었더라도 추가 감면받을 수 없다.

 (을설)

  - 당초 사업계획대로 아파트 신축공사를 계혹진행 되었으므로 신축 진행중 사업 변경으로 인한 것은 사업의 연속성이 인정되고 국민주택 범위의 통칙 2-16-6...62 “사업계획 변경 승인을 받은 경우 준공일”이므로 이에 대한 사후 감면 비율 판정은 준공 검사후 결정 되는것이 기에 신축중 사업 변경 승인은 주공 된 국민주택 규모 비율 대로 사후 관리하는 것이므로 준공 검사후 토지 양도자 및 양수자가 정당하게 서류제출 되었으므로 양도소득세 신고 기한 및 수정신고기한에 관계없이 양도소득세 환급 결정하는 것임.

  (그리고, 만일 당초 국민주택 규모 이하 신축을 62% 허가를 득하여 감면신청 하고난 후, 부득이 52%(10% 감) 신축준공 하였을 때 10%에 대하여는 양수자에 추가 고지 결정하여야 한다는 논리가 타당하므로 이건 환급하는 것이 타당하다고 사료됨)

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ (구) 조세감면규제법 제62조 제1항

○ 주택건설촉진법 제33조

○ 조세감면규제법 시행규칙 제19조