1. 질의내용 요약
○ 본인은 농수산물을 가공하는 제조업체(법인)에 근무하는 경리담당자로서 쳬사는 부가가치세가 면세되는 사업과 과세되는 사업을 겸영하고 있는 바, 부가가치세 납세의무 이행에 있어서 아래와 같은 의문이 있어 질의함.
[질의]
가. 폐사는 생산자로부터 고구마를 매입하여 탈피(껍질을 벗김)·증숙(증기로 찜)·냉동의 제조과정을 거쳐 종이상자에 넣어 타 식품제조업체에 가공식료품 원료로 납품(매출)하고 있는 바, 이 경우에 탈피, 증숙, 냉동의 제조과정을 거친 고구마가 면세재화인지, 과세재화인지 여부.
나. 부가가치세가 과세되는 재화와 면세되는 재화를 동시에 제조하는 사업자가 이 가공농산물을 원료로 하여 의제매입세액의 공제가 가능하는 제품(과자 등이 아님)을 제조하여 공급하였을 경우에 세법해석의 착오로 인하여 일부 과세재화를 면세되는 재화로 보아 부가가치세를 신고누락하였고, 의제매입세액 공제신고서에서도 동 재화의 원재료매입에 관한 사항을 기재누락하여 부가가치세 수정신고기한 경과 후 관할세무서로부터 동 재화의 공급에 대하여 부가가치세를 추징당하였을 경우에 동 과세재화와 관련된 원재료에 대한 의제매입세액의 추가공제방법은 없는지 여부.
다. 부가가치세법상 재화의 공급대가(공급가액이 아님)에 대하여 계산서를 교부하고 법인세 신고시에는 공급대가 전체를 익금산입(매출계상)하였으나 부가가치세는 신고누락하여 관할 세무서로부터 동 재화의 공급대가를 공급가액으로 환산한 금액에 대하여 부가가치세를 추징당하였을 경우에 동 부가가치세 상당세액을 매출가액의 감소에 해당되어 법인세법상 각 사업년도 소득에서 익금불산입(손금산입)되어야 타당하다고 사료되는 바, 그 부가가치세 상당액의 익금불산입(손금산입) 귀속년도는 당초 재화의 공급일이 속하는 사업년도인지, 또는 권리의무확정주의에 의하여 부가가치세 결정일이 속하는 사업년도인지 여부.
○ 위 경우에 법인세 과세표준신고 및 자진납부기한과 수정신고기한이 모두 경과 후에 위 부가가치세 상당액을 익금불산입(손금산입)하여 법인세를 환급받을 수 있는 방법은 없는지 여부.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)