1. 질의내용 요약

내국법인이 본사 사무소로 사용하던 서울특별시 중구 소재의 토지와 건물이 도시개발계획에 의하여 철거될 처지에 있어 도시개발사업 시행자에게 4억원에 양도하고 본사 사무실로 사용하기 위한 서울특별시 영등포구 소재의 다른 토지와 건물을 14억원에 취득하였습니다.

상기 새로이 취득한 토지와 건물 중 내국법인이 직접 사무실로 사용하고도 남는 부분이 있어 이 중 일부(약 40%)를 제3자에게 사무실로 임대하고 나머지 60%만 직접 사무실로 사용하는 경우, 법인세법 제59조의3 제2항 제2호의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 범위 여부

(갑설) 새로이 취득한 토지와 건물 중 내국법인이 60%만 직접 사용하고 있다 하더라도 그에 상당하는 가액은 8.4억원(14억 × 60%)으로 종전의 부동산 양도가액 4억원을 초과하므로 양도한 부동산에 대한 특별부가세는 동법 시행령 제124조의6 제3항의 규정에 의하여 전액 면제되어야 한다.

(을설) 새로이 취득한 토지와 건물 중 내국법인이 직접 사용하고 있는 면적은 60%에 지나지 아니하므로 종전의 부동산 양도가액에 대한 특별부가세 중 60%에 상당하는 금액만 면제하여야 한다.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 【】

○ 법인세법 시행령 제124조의6 【】