1. 질의내용 요약

전자제품을 제조하여 전량수출하는 주식회사 A는 87년 1기분 부가가치세 확정신고시 경리 실무자의 착오로 매입세금계산서 중 일부를 세무서에 제출하지 못하였습니다.

위와 같은 매입세금계산서 미제출 내용을 국세기본법에서 규정한 수정신고기한인 88.1.25이 경과된 후 알게 되어, 미제출세금계산서와 관련된 매입세액을 갱정기관의 확인에 의해 환급받기 위해 88.3.6에 87년 1기 확정신고를 수정한 신고서와 관련 매입세금계산서를 함께 관할 세무서에 제출한 경우, 동 매입세액의 공제 및 환급에 대하여 다음과 같은 설이 있어 질의함.

1. 매입세액의 공제

갑설 : 동매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급된다.

이유 : 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서 및 동법 시행령 제60조 제1항 제2호의 규정에 의함.

을설: 동매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급되지 아니한다.

이유 : 국세기본법에서 규정한 수정신고 기한이 경과되어 신고하였고 또한 당초 신고된 내용(예: 세금계산서 매수 및 금액)이 누락된 것이 아니기 때문임.

2. 가산세 적용

부가가치세법 제22조 제2항 제3호의 규정에 의한 가산세 적용에 있어 매입세금계산서 중 영세율 매입분과 일반매입(매입세액이 있는 매입)이 있는 경우 영세율 매입분의 가산세 적용 여부에 대하여

갑설 : 가산세 적용이 되지 아니한다.

이유 : 부가가치세법 시행령 제70조 제3항 규정에 의하여 매입세액이 없기 때문임.

을설 : 가산세 적용이 된다.

이유 : 영세율 매입분도 “0”이라는 매입세액이 있기 때문임.