1. 질의내용 요약

○ 폐사는 철강제조설비의 Plant 건설 업체로서 국내 유수 철강업체에 철강제조 설비를 공급하고 있는 외국법인 한국지점입니다. 폐사는 철강제조 설비를 공급하기 위하여, 폐사의 본사와 다른 외국법인이 콘소시움(Consortium)을 형성하여(공급자) 국내 철강업체(수요자)와 공급계약을 체결하고, 동 계약서에 따라 기자재공급ㆍ설계 및 기술감독용역을 제공하고 있습니다. 이때 기자재는 주로 외국에서 국내로 수입통관 절차에 의하여 반입되며, 설계 및 감독용역은 폐사의 기술자 및 감독관들이 (Engineer 및 Supervisor) 필요에 따라 한국지점에 파견되어, 그들이 수요자의 공장에서 직접 용역을 제공하고 있습니다. 또한 폐사는 동 공사대금의 효율적인 회수를 위하여 국내의 수요자로 하여금 전체 공사대금에 (기자재대금 + 설계 및 기술감독용역금액) 대하여 외국에 있는 폐사의 본사를 수익자로 하는 Master L/C를 개설하도록 하였습니다. 따라서 국내의 수요자는 설계 및 기술감독용역 댓가가 기자재 가액에 포함되어 L/C가 발행되었기 때문에, 업무 편의상 수입신고시에 재화 및 용역을 구분하지 않고 L/C금액 전체를 기자재 댓가로 신고하였으며, 이에따라 동 기자재가 수입통관 될때에 동 L/C금액 즉, 기자재 및 용역댓가에 대하여 관세 및 방위세를 납부하여 될 것이며, 세관장은 이를 근거로 수요자에게 수입 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 거래 징수 하게 될 것입니다.

[질의]

 가. 이때 용역공급자인 폐사가 세관장에 의하여 이미 수입 세금계산서가 발행되어 부가가치세가 부과된 동 용역댓가에 대하여 다시 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 거래 징수 하여야 하는지의 여부에 대하여 다음과 같은 양설이 있어 질의함.

  (갑설)

   - 세금계산서를 발행하지 않아도 되며, 부가가치세도 징수 납부하지 않아도 된다.

  (을설)

   - 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 거래 징수 하여야 한다.

 나. 위 [질의1]에서 을설이 타당하다고 한다면 동일한 거래에 대하여 세금계산서가 이중으로 발급되는 결과를 초래하게 되는데, 이때 국내의 수요자가 이중으로 발급된 세금계산서상의 매입세액을 공제하는데 있어서 다음의 어느것이 타당한지 여부

  (갑설)

   - 이중으로 발행된 세금계산서상의 매입세액을 모두 공제받을 수 있다.

  (을설)

   - 세관장이 발행한 세금계산서중 용역댓가에 대한 매입세액은 불공제 처리해야 된다.