학교법인이 기본재산인 토지 등을 교육 사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출한 경우에 한하여 특별부가세를 면제하는 것임

귀 질의1의 경우 법인이 토지 등의 양도차익이 있을 때에는 특별부가세를 납부할 의무가 있는 것이나, 학교법인의 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 조세감면규제법 제67조의3 제1항 및 제4항과 동법시행령 제55조의3 제4항의 규정에 의하여 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하는 것인바, 귀 질의2의 경우와 같이 토지 등의 양도차익에 관하여 과세표준신고를 하지 아니하고 수정신고 기한 내에 수정신고와 함께 특별부가세 면제신청서를 제출하는 때에는 특별부가세 면제를 받을 수 없는 것이며 질의4의 경우 대금청산일. 미등기사유 등이 불분명하여 정확한 회신을 할 수 없으나 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어 취득시기에 관하여는 법인세법 시행령 제124의2 제11항의 규정에 의거 소득세법시행령 제53조의 규정을 적용하는 것임.