1. 질의내용 요약

[질의]

 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 양도함으로써 법인세 또는 특별부가세가 감면됨에 있어 조세감면규제법(이하 “법”이라함)제42조 및 법 제 67조의13의 규정이 동시에 적용되는 경우 법인세법 제42조에 의해, 특별부가세는 법 제67조의13의 규정을 선택하여 적용할 수 있는지에 대하여 다음과 같이 양설이 있어 질의하니 회시하여 주시기 바랍니다.

 - 갑설 : 선택적응할 수 있다.

   이유 : 중복지원배제를 규정한 법 제87조에 명시된 바 없고, 세법에 정한 각각의 감면요건을 동시에 갖춘 경우에는 별도의 규정이 없는한 납세의무자가 선택하여 적용하는 것이 타당하기 때문임

 - 을설 : 선택정응할 수 없다.

   이유 : 법 제42조는 대도시안의 공장시설을 지방으로의 이전하라는 동일한 감면요건에 의해 법인세와 특별부가세가 동시에 면제되는 규정이나 이중 특별부가세만을 법 제67조의13에 규정된 다른 감면요건에 의거 면제하는 경우, 법 제42조에 비해 대체취득자산의 범위(특히 1990.06.22 대통령령 제13027호에의한 개정전)가 상이하고 그 취득기한이 비교적 장기로서 법인세 및 특별부가세가 각기 다른요건에 의해 감면됨으로써 일관성 있는 사후관리가 곤란하며, 또한 “특별부가세감면의 경우 조세감면규제법등에서 동일한 감면대사에 대하여 2개이상의 법령이 동시에 적용되는 때에는 그중 하나를 선택하여 적용해야한다”는 귀부의 유권해석(재산22601-1122,85,11,6)과 같은 취지로 해석되어야 하기 때문임.