1. 질의내용 요약
본인은 사료 도매를 경영하면서 젖소 사료용 면실을 수입하여 축산농가에 판매하여 왔습니다.
그동안 면실은 면세상품으로 부가가치세가 과세되지 않았으나 1991년 03월 11일자 법 개정으로 부가가치세가 과세된다 하여 금반 관세청으로부터 1991년 03월 11일부터 동년 06월 30일까지 매입한 수입 면실상품에 대한 매입 부가가치세를 추징하고 동 상품에 대한 수입 세금계산서를 교부 받았습니다.
물론 본인 역시 무리하여 법 개정을 모르고 영업을 한 것도 과실이나. 관세청에서도 세금계산서는 발행치 않고 계산서를 발행하여 주시 때문에 전과 똑같이 본인도 축산업자로부터 부가가치세를 징수치 않고 계산서를 발행하고 판매하여 왔는데 부가가치세를 추징당하고 보니 막대한 손실을 보게 되어 구제의 길을 찾아 금번 매입세액 추징분에 대한 세금계산서를 공제 받을 수 있는 것인지를 문의 하였는바 다음 양설이 있어 질의하오니 회신주시면 감사하겠습니다.
<갑설>
부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 발행치 아니 하였으므로 관세청의 사무 착오가 있었다 하더라도 추후 매입세액을 추징하여 발행된 세금계산서는 부가가치세법 시행령 제59조의 규정에 의한 적법한 세금계산서로 볼 수 없기 때문에 매입세액을 공제 받지 못함은 물론 1991년 03월 11일자부터 동년 06월 30일 까지 매출한 면실상품에 대해서도 부가가치세를 추징하여야 된다.
<을설>
국가기관인 관세청이 적법한 법 시행을 이행치 못하여 발생한 쟁점이기 때문에 부가가치세법 시행령 제59조의 규정에 의한 수정 세금계산서로 봄이 타당함이 사료되며 사업자는 1991년 03월 11일자부터 동년 06월30일까지 판매한 면실상품에 대한 계산서를 1991년 09월 07일자로 반품처리하고 동일자로 세금계산서를 발행 매출 처분하여 매입세액을 공제 받음이 타당하다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)