기자재의 대가와 기술용역의 대가가 명백히 구분되면 기술용역에 부가가치세가 과세되지만 그 대가가 명백히 구분되지 아니하여 세관장이 수입 시 기자재대가와 기술용역의 대가의 합산금액으로 수입세금계산서를 교부하면 그러하지 아니함.

국내사업장이 있는 외국법인(이하“A”라 함)이 국내사업자에게 외국산기자재의 조달과 함께 동 기자재의 설치, 조립, 시운전 등 기술용역을 제공하기로 하고 다시 A는 자국내에서 국내사업장이 있는 다른 법인(이하 “B”라 함)과동 기자재 및 기술용역 공급에 관한 계약을 체결하여 동 기술용역을 B의 국내사업장에서 제공하는 경우 부가가치세 과세는 다음과 같음. 가) 국내사업자와 A와의 계약에 의하여 기자재의 대가와 기술용역의 대가가 명백히 구분되는 경우에는 동 기술용역에 대하여는 A의 국내사업장에서 부가가치세가 과세되는 것이나, 그 대가가 명백히 구분되지 아니하여 새관장이 수입시 기자재대가와 기술용역의 대가를 합한 금액으로 수입세금계산서를 교부한 경우에는 그러하지 아니함. 나) B의 국내사업장에서는 동 기술용역에 대하여 A의 국내사업장을 공급받는자로 하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 이를 교부받은 A의 국내사업장은 자기의 매출세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있는 것임.