1. 질의내용 요약
보세구역내에 별도의 사업장을 두지 아니한 사업자가 외국으로부터 수입한 물품을 국내에서 수입통관전에 양도하고 공급가액중 세관장이 거래징수한 관세의 과세가격과 관세등의 합계액을 공제하지 아니한 공급가액 전액에 대하여 세금계산서를 교부하였을 경우, 당해 사업자가 교부한 세금계산서에 대한 매입세액과 세관장이 수입면장상의 납세의무자를 수입물품의 매입자로 변경하여 발행한 수입세급계산서상의 매입세액 공제에 대하여 아래와 같이 양설이 있어 질의하오니 회신하여 주시기 바랍니다.
(갑설) 세관장이 발행교부한 수입세금계산서상의 매입세액과 사업자가 발행교부한 세금계산서상의 매입세액이 중복 되었다하더라도 전액 매입세액을 공제하여야 한다.
(이유) 부가가치세법 시행령 제48조 제7항에서 “보세구역내의 사업자가 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 법제8조에 규정하는 수입재화에 해당하는 때에는 공급가액중 법제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다”라고 규정되어 있는바 보세구역내에 사업자등록이 되어 있지 아니한 사업자는 동법시행령 제48조 제7항의 규정을 적용받지 아니하기 때문이며 붙임 재무부 질의회신물 간세126531-4673(1979.12.29)에서도 같은 뜻으로 해석하고 있기 때문임
(을설) 세관장이 발행교부한 수입세금계산상의 매입세액은 전액 공제하고 사업자가 발행교부한 세금계산서상의 매입세액중 세관장이 거래징수한 매입세액 부분을 차감한 잔액을 공제하여야 한다.
(이유) 부가가치세법 시행령 제48조 제7항의 취지는 당해 재화를 공급받는 자가 보세구역 이외의 국내로 반입하는 때에 재화의 공급과 재화의 수입에 각각 해당되므로 공급 받는자 입장에서는 공급자와 세관장으로부터 2중으로 부가가치세를 거래진수 당하게 되는 불합리한 점을 회피하기 위한 조치이며, 따라서 보세구역내에 사업장을 갖고 있지 아니한 사업자가 재화를 공급함으로서 동 재화가 국내 거래인 동시에 수입재화에 해당된다면 국세기본법 제18조 제1항에서 규정하는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 따라 동 조항을 준용하여야 하며, 재무부 간세1265.1-4673(1979.12.29) 질의 회신문(선화증권양도)은 양수자가 동 양수받은 선화증권상의 화물을 국내에 통관하지 아니하고 다시 외국으로 반출할 수도 있어 이 건 질의의 경우와 같다고 할 수는 없는 것이고, 공급받는자가 사업자일 경우에는 2중과세로 인하여 하나의 매출에 2개의 매입이 대응되어 부가율이 낮아 짐으로서 경정조사 대상자에 선정 되는 등 불이익 처분을 받고 있는 현실임. 상기와 같은 이유로 부가가치세법 시행령 제48조 제7항의 “보세구역내 사업자”는 “보세구역내에서 재화를 공급하는 자”로 해석되어야 하고 부가가치세 기본통칙 2-1-7...6은 보세구역내에 사업장을 설치하지 않은 사업자도 적용되어야 하는 것이며 붙임 국세청 부가 1265.191(1983.01.28)질의회신문도 같은 해석을 하고 있기 때문임.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)