○ 사실관계

 - 공무원연금법에 의한 퇴직일시금과 국가․지방자치단체에서 지급하는 명예퇴직수당이 있는 경우 퇴직일시금의 퇴직소득 원천징수는 공무원연금관리공단이 명예퇴직수당에 대해서는 해당 기관이 하고 있으며, 현재는 차후에 지급하는 공무원연금관리공단이 퇴직일시금과 명예퇴직수당을 합산한 후 정산하여 원천징수 납부하고 있음

○ 질의내용

 - 명예퇴직수당이 일부 확정되지 않아 변동이 된 경우에 퇴직소득금액을 재정산하는 경우 공무원연금관리공단이 수정신고하는 지, 아니면 해당 기관에서만 수정신고를 하면 되는 것인지

 ○ 퇴직소득 정산

  - 공무원의 퇴직일시금과 명예퇴직수당이 있는 경우 원천징수의무자는 각 지급기관이며, 먼저 퇴직금액을 지급한 기관에서는 원천징수한 다음 해당 영수증을 통보하여 차후 지급하는 기관에서 정산하도록 하여야 함

  - 명예퇴직수당 금액이 변경된 경우에는 지급한 기관에서 재정산 수정신고 납부하고 수정분 퇴직소득원천징수영수증을 작성하여 공무원연금관리공단에 통보하고 해당 공단은 변경된 금액에 따라 재정산하여 수정 신고 납부하여야 함

○ 소득세법 제148조 【퇴직소득에 대한 징수세액】

원천징수의무자가 퇴직소득을 지급하는 때에 원천징수하는 소득세의 계산은 다음 각호의 규정에 의한다.

1. 퇴직소득을 받는 거주자가 당해년도에 이미 지급된 다른 퇴직소득이 없는 경우의 세액은 그 지급할 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 금액

2. 퇴직소득을 받는 거주자가 당해년도에 이미 지급된 다른 퇴직소득이 있는 경우의 세액은 그 이미 지급된 퇴직소득금액과 그 지급될 퇴직소득금액을 합계한 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 금액에서 이미 지급된 퇴직소득금액에 대하여 징수한 세액을 공제한 금액

○ 시행령 제203조 【퇴직소득세액의 정산】

① 동일 연도에 2회이상 퇴직한 퇴직자에게 퇴직소득을 지급하는 원천징수의무자는 당해 퇴직자의 전 근무지의 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 법 제148조의 규정에 의하여 퇴직소득세를 정산할 수 있다.

② 법 제22조제1항제1호 라목 및 마목의 소득을 지급하는 자가 퇴직소득중 일부만을 먼저 지급하고 이후 과세기간에 잔여분을 지급하는 경우 먼저 지급하는 퇴직소득에 대하여는 당해 소득의 과세기간에 원천징수하고 이후 과세기간에 지급하는 퇴직소득에 대하여는 먼저 지급한 소득을 합산하여 퇴직소득세액을 계산한 후 기납부한 퇴직소득세액을 차감한 퇴직소득세를 원천징수한다.

③ 법 제22조제1항제1호 라목 및 마목의 소득을 지급하는 자가 퇴직소득의 일부 또는 전부를 지연하여 지급하면서 지연지급에 대한 이자를 함께 지급하는 경우 당해 이자는 이를 퇴직소득으로 보아 원천징수한다.

④ 확정기여형퇴직연금등을 설정한 사용자 또는 「과학기술인공제회법」 제16조제1항제1호에 따른 퇴직연금급여를 설정한 사용자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 퇴직연금일시금을 지급하는 「근로자퇴직급여 보장법」에 따른 퇴직연금사업자 또는 「과학기술인공제회법」에 따른 과학기술인공제회(이하 "퇴직연금사업자"라 한다)에 퇴직일, 근속연수 등 퇴직소득의 원천징수에 필요한 사항을 기재한 근로자퇴직등통지서를 통보하여야 한다.

1. 종업원의 퇴직이 발생한 경우

1의2. 종업원이 퇴직연금을 중도에 인출하는 경우

2. 제42조의2제5항의 규정에 따라 퇴직급여액이 이체 또는 입금되어 소득세가 환급되는 경우

⑤ 「근로자퇴직급여 보장법」에 따른 퇴직금제도 및 확정급여형퇴직연금을 설정한 사용자 또는 확정기여형퇴직연금등의 퇴직연금일시금을 지급하는 퇴직연금사업자(이하 이 조에서 "퇴직연금원천징수의무자"라 한다)가 제42조의2제5항의 규정에 따라 이체 또는 입금된 퇴직급여액에 대하여 소득세를 원천징수한 경우에는 당해 세액을 퇴직연금원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 이 경우 퇴직자는 이체 또는 입금된 일자 및 금액을 기재한 기획재정부령이 정하는 과세이연계좌신고서를 사용자에게 제출하여야 한다. <신설 2006.2.9 부칙, 2008.2.29 부칙>

⑥ 제5항의 경우에 퇴직연금원천징수의무자가 환급할 소득세가 환급하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 퇴직연금원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할 세무서장이 그 초과액을 환급한다.

⑦ 제6항 단서의 규정에 따라 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2006.2.9 부칙>

○ 소득세법 제22조 【퇴직소득】

① 퇴직소득은 당해년도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 갑 종

가. 갑종에 속하는 근로소득이 있는 자가 퇴직으로 인하여 받는 소득중 일시금

나. 각종 공무원 및 사립학교 교직원에게 지급되는 명예퇴직수당

다. 갑종에 속하는 근로소득이 있는 자가 퇴직으로 인하여 받는 대통령령이 정하는 퇴직보험금중 일시금

라. 「국민연금법」에 의하여 지급받는 반환일시금 또는 사망일시금

마. 「공무원연금법」ㆍ「군인연금법」ㆍ「사립학교교직원연금법」 또는 「별정우체국법」에 의하여 지급받는 일시금

바. 기타 가목부터 마목까지의 규정에 의한 소득과 유사한 소득으로서 대통령령이 정하는 일시금

2. 을종

을종에 속하는 근로소득이 있는 자가 퇴직으로 인하여 받는 소득

② 제1항제1호 라목 및 마목의 규정에 의한 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 불입된 연금기여금 및 사용자부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 지급받은 일시금으로 한다. <신설 2000.12.29 부칙>

③ 퇴직소득금액은 제1항 각호의 소득의 합계액으로 한다.

○ 없음