1. 질의내용 요약

○ 당 공사는 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률에 의하여 서울특별시장이 개설자가 되어 서울특별시 조례 1882호로 설립된 지방공사로서, 농수산물 종합도매시장의 관리운영 및 부대사업 영위 등에 대하여 서울특별시 업무를 대행하는 단체로, 부가가치세법시행령 제38조 제18호에 의거 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률에 의한 농수산물 도매시장사업에 대하여는 부가가치세가 면세되나, 그 부대시설물의 임대업에 대하여는 부가가치세가 과세되는 바,

○ 당 공사는 1984.05.18 사업자등록 후 1985년 제1기 부가가치세 확정신고시까지 면세사업에 대한 공급가액이 발생되지 않았고, 1985년 1기에 부대사업인 부동산임대업에 대한 부가가치세만 발생되었습니다.

○ 따라서 당 공사는 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있으므로 부가가치세 매입세액 안분계산은 부가가치세법시행령 제61조 제1항 전단에 의거 실지귀속에 따라 처리되나 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대한 매입세액 안분계산방법을 다음과 같이 질의함

 가. 당 공사의 1985년 제1기 부가가치세 확정 신고분에 대하여

  (1) 부가가치세법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제3항 제3호의 규정에 의거 동 시행령의 48조의2(과세표준의 안분계산) 제2항 제3호의 규정을 적용하여 매입세액 전부를 공제받을 수 있는지 여부.

  (2) 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 과세사업과 면세사업의 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우를 적용하여 당해 과세기간의 총매입가액(공통매입세액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율에 의하여 계산하는지 여부.

   이 경우 총매입가액 중에서 귀속이 분명한 것은 전체의 약 1~2%를 차지하고 있어, 1~2%로 98~99%를 안분계산한다는 것은 합리적인 방법이 될 수 없다고 사료됨

   (예) 공통으로 사용되어 귀속으로 불분명한 매입세액

    - 공통적으로 사용되는 사무용 소모품·기계기구·비품·차량운반구 및 차량유지비 등의 구입과 수선유지비

    - 도매시장 홍보 및 안내를 위한 광고선전비·안내홍보물 구입(신문광고.안내문 책자 유인물·슬라이드 제작·안내표시 구축물)

    - 시설물 관리운영을 위한 기계기구·비품 구입 및 수선유지를 위한 경상경비

    - 공사 운영 및 시장관리에 간접적으로 사용되는 경상경비(민방위관계 등·구내식당 운영·청소 및 경비실 운영·전산실 운영·하수처리장 운영)

 나. 1985년 제2기 부가가치세 예정신고 및 확정신고시 적용할 매입세액 안분계산에 대하여

  (1) 부가가치세법시행령 제61 제1항 후단 부분의 규정에 의한 산식으로 안분계산하는지 여부.

   이 경우 당 공사는 일반적인 법인들과는 다른 특이한 법인으로서 공급가액에 있어서는 면세 공급가액이나 과세공급가액이 거의 대등 하나, 실지 사업기능면에 있어서는 면세사업이 90%이상되고, 과세사업에 있어서는 면세사업(농수산물 도매시장)을 영위하기 위하여 부대적으로 따르는 농수산물 소매업, 음식점업, 관련상품(농수산물 가공류) 및 매점 등으로서 기능면으로 볼 때에는 공급가액비와 상당한 차이가 있습니다.

   (예) 공통으로 사용되어 귀속이 불분명한 매입세액은 전항의 예와 동일함

  (2) 부가가치세법 기본통칙 5-3-12...17(건물신축에 따른 매입세액 안분계산)에 의한 면적비율에 의한 매입세액 안분계산 준용 여부

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 기본통칙 5-3-12...17 【건물신축에 따른 매입세액의 안분계산】

○ 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 【매입세액의 안분계산】