1. 질의내용 요약
○ 2인 공동사업자(실사업체)로 1970년 이전부터 각 개인들이 운영하다 1980년도 통합하여 각 지분을 소유한 채 공동사업을 운영하던중 신규법인에게 공장을 포괄적으로 양도하게 되어 법인과 계약을 체결하면서 계약서 내용에는 공장에 부수된 토지ㆍ건물ㆍ기계장치ㆍ차량 등 일체와 영업권을 구분하여 매매계약서에 기재한 후 양도하고 이 매매계약서에 의해 양도소득세 예정신고와 동시, 자진납부하였습니다.
○ 그런데 1년이 지난 후 저희 공장을 인수한 법인의 세무조사에서 기계장치 등 감가상각 대상자산에 대해 세무당국에서 법인취득가액이 과대계상 되었다고 하면서 이 과대계상된 부분을 전부 영업권으로 보고 법인에게는 수정신고를 종용하는 한편, 본인에게는 과대계상된 부분에 대하여는 영업권 양도로 본다고 하면서 양도소득세를 추징한다고 합니다.
○ 상기 내용과 같은 경우 소득세법시행령 제115조 제1항 제3호에 규정된 상속세법시행령 제5조의 규정을 준용한 영업권 양도에 따른 양도소득세 과세방법 중 양도가액과 취득가액은 어떻게 신고하는 것이 정당한 방법인지
○ 또한 영업권 실거래가액(매매계약서에 구분하여 기재된 가액)을 양도가액으로 보고 취득가액은 상기에 기재된 방법(소득세법시행령 제115조 제1항 제3호)에 의해 양도ㆍ취득 당시 기준시가를 산정하여 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항에 규정된 방법으로 취득가액을 환산하여 영업권 양도소득세를 신고할 수 없는지 또 세무당국에서 당초 저희가 법인과 계약체결한 매매가액을 부인하고 과대계상부분을 영업권 양도가액으로 하여 추징하는 법적근거는 무엇인지 질의함.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 소득세법 시행령 제44조2 제1항 제1호