1. 질의내용 요약

○○법인은 수출업자로서 보세구역의 보세가공업자에게 원자재를 구입하고 있습니다. 당 법인은 보세가공업자에게 내국신용장 방식에 의해 원자재를 구입하고, 세관장이 부가가치세를 거래징수하여 수입세금계산서를 교부 받고 있습니다.

그런데 기본통칙 2-1-7...6(보세구역에 대한 부가가치세 적용)에 의하면 보세가공업자는 양도가액에서 세관장이 발행하는 수입세금계산서의 과세표준을 공제한 잔액에 대해 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부하여야 한다고 되어 있고, 예규 (부가2 1235-2613, 1977.9.6)에서는 보세가공업자는 부가가치세를 징수하지 아니하나 부가가치세법 시행령 제57조제3호에 의하여 세금계산서 교부의무는 있으며, 이 경우 수입세금계산서는 부가가치세 징수 및 공급받는자의 자료 양성화에 의의가 있고 보세가공업자가 발행하여야 하는 세금계산서는 보세가공업자의 소득금액계산에 필요한 사항이며, 세금계산서 수취에 있어서 중복될 염려가 있으므로 세금계산서 비고란에 세관장의 수입세금계산서 발행필 등을 표시하여 중복되지 않도록 할 수 있다고 되어 있는바, 이 경우 부가가치세 신고시 세관장이 발행하는 수입세금계산서와 보세가공업자가 발행하는 영세율 세금계산서를 동시에 합산하여 신고하면 부가가치세 신고서상 매입 과세표준이 중복되어 과대계상되는 결과를 초래하게 되므로, 세관장이 발행한 수입세금계산서와 보세가공업자가 발행한 세금계산서를 구분하여 세관장이 발행한 수입세금계산서만 신고하고 보세가공업자가 발행한 세금계산서는 제출만 해도 되는 지의 여부

국세청 민원봉사실의 세무상담에서는 보세가공업자에게 내국신용장 방식에 의하여 원자재 구입시 양도가액 전액에 대해 세금계산서를 발행할 수 없는 의견인 바, 예규에 명시되어 있는 것은 구체적으로 어느 경우에 해당여부