1. 질의내용 요약
○ 1994.04.06 노부부가 평소에 다니던 교회의 권유로 1965년경부터 소유하던 전 및 임야 2,200여평(도시계획법상 준주거지역임)을 교회 신축부지로 총금액 2,195백만원에 양도하기로 계약서를 작성하고 계약금 3억7천만원을 받았고 1994.06.30에 1차중도금 3억7천만원을 받고 나머지 중도금 및 잔금은 1995.02월과 1995.08월에 받기로 하고 교회의 신축에 관련된 절차관계로 1994.08.11 소유권이전 등기를 하여 주고 양도인 앞으로 근저당을 설정하여 놓았습니다.
○ 문제는 소유권이전등기 과정에서 토지거래 허가신청시 첨부되는 계약서를 실지거래 금액 대로 하면은 허가에 문제가 있다고하여 정부에서 정한 공시지가에 준하여 614,960천원으로 매매계약서를 작성하여 정부에 신고하였습니다.
○ 소유권이전 등기를 필한 후 세무사에 양도소득세 신고를 의뢰하여 기준시가에 의하여 양도소득세 신고를 필하고 양도소득세 1억2천여만원을 자진납부도 하였습니다.
○ 위와 같은 경우 양도인이 양도한 토지가 소득세법시행령 제170조 제1항 및 제2호마목에 규정하는 면적을 초과하고 허위계약서 작성 및 양도가액을 확인할 수 있는 경우에 해당이 되어 소득세법시행령 제170조 제1항 제2호 가목에 정하는 방법으로 취득가액을 환산하여 양도소득세를 과세할수 있는지가 의문이 되어 질의을 드리게 되었습니다.
○ 양도한 토지는 근 30년간을 소유한 토지로 투기등과는 전혀 관련이 없으며 그간 지가상승으로 인하여 생각보다는 많은 금액에 양도가 되었습니다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ (구)소득세법시행령 제170조 제9항