1. 질의내용 요약

가. 설립근거 및 운영

 - ○○연구원은 ○○연구원법(법률 제3864호)에 의하여 설립된 정부출연연구기관으로써 임무특성(○○정책연구)에 의하여 기구운영에 필요한 재원 전액을 정부가 출연하고 있습니다.

 ― ○○연구소는 ○○연구원 정관 제16조(기구와 직원) 제5항 및 직제규정 제3조(조직) 제3항 의한 ○○연구원의 부설기구로써 ○○연구원법에 의하여 운영되고 있습니다.

 - ○○연구원은 조세감면규제법 제59조 별표(공공법인의 범위) 제 85란에 적용받는 공공법인이기도 합니다.

나. 토지취득의 배경

 ○○연구원 부설 ○○연구소는 국방부장관의 지시에 의하여 군용지에 연구소 건물을 신축하여 이전토록 계획되었으나 신축부지에 진입할 수 있는 도로가 없어 진입로를 확보하기 위하여 현 소유주로부터 토지를 취득하게 되었습니다.

다. 양도소득세 감면에 관한 질의

 조세감면규제법 제63조(공공사업용토지등에 대한 양도소득세등의 감면) 제1항 제1호에는 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득”으로 규정하고 있으며 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제2조(용어의 정의) 제2호에는 “"공공사업"이라 함은 토지수용법 제3조의 규정에 의하여 토지등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업(토지구획정리사업, 재개발사업 및 농지개량사업을 포함한다)을 말한다”고 규정하고 있고 토지수용법 제3조(공익사업) 제1호에는 “국방군사에 관한 사업” 또한 제3호에는 “국가 또는 지방공공단체가 설치하는 청사,공장,연구소,시험소,보건 또는 문화시설,공원,광장,운동장,시장,묘지,화장장,도살장 기타 공공용시설에 관한 사업” 및 제7호에는 “제1호 내지 제6호의 1에 게기하는 사업의 시행을 위하여 필요한 통로,교량,전선롷,재료적치장, 기타 부대시설에 관한 사업”에 포함되고 있으며 국방군사시설에 관한 법률 제2조(용어의 정의) 제1항 제2호에는 “국방군사에 관한 사업의 연구 및 시험시설에 관한 사업”으로 규정되어 있어

 당 연구원의 사업도 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되며 매도자에게는 마땅히 양도소득세를 감면하여야 한다고 사료되나 일설에 의하면 토지수용법의 수용절차에 의하지 않고 협의매수를 하였다면 사계약에 해당되며 사계약은 양도소득세를 감면받을 수 없다고 하는 주장도 있으나

  (1) 사계약에 관한 예규를 검토하여 보면 재산1264-3939 예규(1984.12.10 요지:공공사업용 토지등을 사계약에 의하여 국가등에 양도한 경우에는 양도소득세는 과세됨)로는 양도소득세가 과세되는 것으로 사료되지만 심사 서울95 - 618예규(1995.05.06 요지 : 특례법 적용을 받지 않는 사계약에 의거 국가등에 토지를 양도시 양도소득세는 감면 배제함)로는 특례법이 적용되는 사업은 당연히 감면되어야 한다고 사료됩니다.

  (2) 또한 수용절차에 관한 예규를 검토하여 보면 재산 01254-3497 예규(1985.11.29 요지 : 협의매매로 양도한 경우에는 양도소득세가 과세됨)에는 감면을 받지 못하나 심사 89 - 91 예규(1989.05.11 요지 : 수용절차에 의하지 않고도 공공사업용 토지를 국가등에 양도한 경우에도 양도소득세가 면제됨) 및 심사 서울 95 - 117 예규(1995.08.18 요지 : 수용등의 절차가 아닌 협의에 의해 공공사업용 토지를 국가에 양도하여도 양도소득세가 면제됨)로는 양도소득세의 감면은 당연하다고 사료됩니다.

 위 내용에 의하여 당 연구원에 토지를 양도한 매도자에게 조세감면규제법 제63조 제1항을 적용하여 양도소득세를 감면받을 수 있는 지를 질의함.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호