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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-당사는 휴대폰 등 단말기에 들어가는 안테나 제조를 주력으로 하는 코스닥 상장 업체로(표준산업분류코드 : 26422, 이동전화제조/ 업종코드 323001, 제조업)로서 2008년 기준으로 연 매출 327억원의 코스닥 상장사임. 5월말 기준 176명이 근무(생산직 34명 포함)중임.

-당사는 1998. 6. 1 경기도 의왕에 본사를 설립하여 휴대폰안테나 개발을 시작하였으며, 2001.1월 구로3공단내 금천구 가산동에 주 사업장인 서울지사를 개설(공장설립)하여 사업을 하던 중, 2005년 1월 경기도 의왕의 본사 및 서울지사, 부설연구소를 금천구 가산동 현재의 위치로 이전하여 사업하고 있으며, 08.10월경 별도 연구소(금천구 독산동 소재-기업부설연구소 부소재지)를 추가 운영중임

-현재 폐사의 본사 사무실 및 연구소, 공장은 서울 금천구 가산동에 소재하고 있는 데, 이중 연구소 일부 인원을 제외한 나머지 시설을 인천남동공단(수도권 과밀억제권역외 지역)으로 이전 검토중임

○ 질의내용

-현재 위치한 서울 금천구 가산동에서 기업부설연구소 인원 총78명중 주소재지 연구원 15명과 부소재지의 연구원 15명을 합한 약 30여명을 제외한 본사 및 생산공장 전부(약136명)를 인천 남동공단으로 이전시 조특법 제63조의 법인세 감면 혜택 여부

-1)항 적용받을 경우 금천구 가산동에 있는 건물에서 본사 및 공장이 이주하고 남은 공간에 대해서는 임대 예정인데, 임대시 입주 업체의 업종(공장,사무실,연구소 등)이 당사의 법인세 감면 혜택에 영향을 미치는 지 여부

- 1)항 적용받을 경우 몇 년후 현재 사용하고 있는 건물을 허물고 현재 부지에 아파트형 공장을 신축하여 분양, 매각 또는 임대시 법인세 감면해택에 영향 여부(단, 당사의 본사 및 생산공장은 해당 건물에 입주하지 않음)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제63조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 <개정 2002.12.11>】

① 수도권 과밀억제권역안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(本店 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 경우에는 해당 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에만 해당한다)하여 2011년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31, 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2005.12.31, 2008.12.26>

② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2001.12.29, 2002.12.11>

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때

3. 제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간중에 수도권 과밀억제권역안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 때

③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. <신설 2001.12.29, 2009.5.21>

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제60조 【수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】 (2002. 12. 30. 제목개정)

① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음ㆍ진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. (2007. 11. 30. 개정 ; 수질환경보전법 시행령 부칙)

1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것 (2002. 12. 30. 개정)

2. 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것 (2002. 12. 30. 개정)

② 법 제63조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액”이라 함은 공장의 이전일 이후 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조 제2항 제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역 안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다. (2002. 12. 30. 후단개정)

③ 법 제63조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우”라 함은 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다. (2002. 12. 30. 개정)

④ 법 제63조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 기본통칙 63의2-0…2 【본사 근무인원의 범위】

법 제63조의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 규칙 제2조 제2항의 규정에 의한 일용근로자 및 기업부설연구소의 연구전담요원과 증권거래법에 의해 선임된 사외이사는 본사근무인원에 포함하지 아니한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-2484, 2006.12.05

「조세특례제한법」 제63조의 2 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서, 기업부설연구소의 연구전담요원의 급여는 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액에는 포함하지 아니하는 것이나, 법인전체인원이 받는 연간급여총액에는 포함하는 것임.

○ 법인세과-487, 2009. 04. 24 - 구공장 임대관련

「조세특례제한법」제63조의2를 적용함에 있어 같은 조 제1항의 요건을 충족한 법인이 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 이전후 당해 공장에서 발생하는 소득은 법인세를 감면받을 수 있는 것으로

이 경우 임차하여 사용하던 공장의 시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 수도권밖으로 이전함으로써 수도권내 기존 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태인 경우에는 동 세액감면이 가능한 것입니다.

○ 서면2팀-398, 2007.03.13, 서면2팀-355, 2007.03.02

수도권 과밀억제권역 안에서 2년이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 조세특례제한법 제63조 제1항의 규정을 적용함에 있어 사실상 본점 또는 주사무소의 역할을 하는 부서가 이전 당시 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 세액감면의 규정을 적용받을 수 없는 것으로, 귀 질의의 경우 기업부설연구소 및 물류센터가 본점의 역할을 수행하는지 여부는 사실판단할 사항임