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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-2005년부터 계속하여 해운기업 법인세 과세표준계산특례를 적용받아온 해운기업이 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제7항에 의거 2009사업년도 법인세 중간예납 신고분부터 해운기업 법인세 과세표준계산특례 적용을 포기하려고 함

○ 질의내용

- 이 경우 2009사업년도 법인세 중간예납 신고분부터 해운기업 법인세 과세표준계산특례 적용을 포기가 가능한 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제104조 의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

① 내국법인중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세 과세표준은 2014년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률

2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다. <개정 2009.5.21>

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

④ 해운소득에 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다.

⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다.

⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. <개정 2005.12.31>

⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조제4항의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조제4항제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다.

⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다.

⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제63조 【중간예납】

① 내국법인(「고등교육법」 제3조에 따른 사립학교를 경영하는 학교법인은 제외한다)으로서 각 사업년도(합병 또는 분할에 의하지 아니하고 새로 설립된 법인인 경우에는 설립후 최초의 사업년도를 제외한다)의 기간이 6월을 초과하는 법인은 해당 사업연도개시일부터 6월간을 중간예납기간으로 하여 해당 사업년도의 직전 사업년도의 법인세로서 확정된 산출세액(가산세를 포함하며, 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 제외한다)에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액을 직전 사업년도의 월수로 나눈 금액에 6을 곱하여 계산한 금액(이하 "중간예납세액"이라 한다)을 그 중간예납기간이 경과한 날부터 2월이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서ㆍ한국은행(그 대리점을 포함한다) 또는 체신관서(이하 "납세지 관할세무서등"이라 한다)에 납부하여야 한다. 다만, 중간예납세액의 납부의무가 있는 내국법인으로서 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액이 없는 법인(제51조의2제1항 각 호의 법인을 제외한다)이거나 해당 중간예납기간 만료일까지 직전 사업연도의 법인세액이 확정되지 아니한 법인인 경우와 분할신설법인 및 분할합병의 상대방법인의 분할후 최초의 사업년도의 경우에는 제4항의 규정에 의하여 중간예납세액을 계산하여 납부하여야 한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2007.12.31, 2008.12.26>

1. 당해 사업년도의 직전 사업년도에 감면된 법인세액(소득에서 공제되는 금액을 제외한다)

2. 당해 사업년도의 직전 사업년도에 법인세로서 납부한 원천징수세액

3. 당해 사업년도의 직전 사업년도에 법인세로서 납부한 수시부과세액