1. 질의내용 요약
[사실관계]
1) 당 법인은 종묘관리법 제3조 제1항 동법시행령 제2조 제2항 규정에 의거 ○○특별시의 채소, 과수업 허가를 받았으며 기술개발촉진법 시행령 제13조의 2의 규정에 의거 과학기술처장관으로부터 육종연구소 설치 인가를 받았습니다.
2) 당 법인이 목적사업은 계농림, 종묘, 농약, 농기구의 생산 판매 및 동 관려농산물의 수출입업을 영위하고 있습니다.
3) 당 법인의 육종연구소에서는 채소, 화훼 작물의 우량종자를 육성하기 위하여 종자를 선발한 후 타 종자와 비교 시험재배하는 과정을 거쳐 우량종자의 신 품종을 연구개발하고 있습니다.
4) 이러한 과정후 생산된 원 종자는 당 연구소 및 산하 각분장에서 증식과정을 거쳐 원종을 생산합니다. 생산된 원종은 당 법인과 농민과의 계약재배에 의거 전국 각지에서 농민이 종자를 생산하며, 이때 당 법인은 원종을 무상으로 공급하며, 농민에게는 계약된 단가에 의거 생산비용을 지급하고 생산된 우량종자를 전국 각농가에 판매하고 있습니다. 연구소에서는 원종만을 생상하고 이를 직접판매하는 것이 아니므로 수입금액은 발생할수 없으나, 당 법인의 판매 총수입은 연구소에서 개발한 원종을 기초로하고 있습니다.
[질의사항]
○ 이 경우 당 법인의 육종연구소에서 연구목적에 사용하는 토지세 대하여는 토지초과이득세법 제9조 제1항 및 제2항의 규정에 의거 과학기술처장관의 인가를 받아 직접 고유목적에 사용하고 있으므로 토지초과이득세법에 의한 유휴지에 해당되지 아니한다고 생각되며 동법 제9조 제3항 제3호 “가”목의 규정에 의하더라도 연구소의 성격상 직접 수입금액이 발생할 수 없고 이때의 수입그액이라하면 당 법인의 총수입금액이 연구소에서 개발한 품종을 기초로 하고 있으므로 이를 비료할여야 한다고 생각합니다. 이 경우 육종연구소에서 연구목적에 사용하고 있는 토지가 유휴지에 해당되는지의 여부
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)