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질의회신
손금불산입하는 세무조정을 하지 않은 경우에 적용되는 법인세의 부과제척기간
징세과-55생산일자 2009.09.10.
AI 요약
요지
단순히 손금불산입하는 세무조정을 하지 아니하고 법정신고기한내에 법인세 과세표준신고서를 제출한 경우에는 「국세기본법」제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년간의 부과제척기간을 적용하는 것이나 귀 질의가 이에 해당하는 지는 납세의무자의 고의, 부정행위의 적극성, 방법 및 정도 등을 종합적으로 확인하여 판단하여야 할 사항임
회신
단순히 손금불산입하는 세무조정을 하지 아니하고 법정신고기한내에 법인세 과세표준신고서를 제출한 경우에는 「국세기본법」제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년간의 부과제척기간을 적용하는 것이나 귀 질의가 이에 해당하는 지는 납세의무자의 고의, 부정행위의 적극성, 방법 및 정도 등을 종합적으로 확인하여 판단하여야 할 사항이며,「국세기본법」제26조의2 제1항 내지 제4항의 기간이 지나면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정이나 경정도 할 수 없는 것입니다.
질의내용

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 회사는 금융업을 영위하는 법인으로서 특수관계 있는 다른 금융업을 영위하는 법인에게 2003이전 사업년도에 자금대여한 바 있고, 원금 전액 미회수 상태에서 특수관계가 소멸하였음

- 2003이전 사업년도 중 동 대여금에 대한 대손충당금을 일부 설정하였고, 한국상사법학회의 중재안 및 채권금융기관과의 협약 등에 따라 대여금 중 일부를 제각하면서 대손충당금과 상계 또는 대손상각비로 처리하였음

- 회사는 대여금을 정상 매출채권으로 동 대여금에 대한 대손상각비에 대하여 세무조정을 하지 않았으나 만일 동 대여금이 정상 대출 채권이 아닌 업무무관가지급금으로 인정될 경우 법인세법에 따라 세무조정하면 1999~2003 사업년도의 소득금액에 상기 대손상각비를 익금산입하여야 함

나. 질의내용

- (질의1) 가지급금에 대한 대손충당금 설정 또는 대손상각비 계상한 후 세무조정을 행하지 않은 경우 적용되는 부과제척기간

- (질의2) 부과제척기간이 만료된 사업년도의 세무조정과 관련하여 어떠한 처분(새로운 결정․증액경정․감액경정)을 할 수 있는 지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)

 ○ 국세기본법 제26조의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다. (2008.12.26. 개정)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 (94.12.22. 개정)

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 (94.12.22. 개정)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (94.12.22. 개정)

4. 생략

5. 제2호 및 제3호의 기간이 만료된 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에「소득세법」제45조 제2항,「법인세법」제13조 제1호, 제76조의 13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호 및 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간 (2008.12.26. 신설)

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그밖에 필요한 처분을 할 수 있다. (2007.12.31. 개정)

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구,「감사원법」에 의한 심사청구 또는「행정소송법」에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 (2006.12.30. 법명개정)

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우 (96.12.30. 개정)

3. 제45조의 2 제2항 또는「국제조세조정에 관한 법률」제19조 제4항에 따른 경정청구가 있는 경우 (2008.12.26. 개정)

③~④ 생략

⑤ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. (2007.12.31. 개정)

 ○ 국세기본법 26의 2-0…1【국세부과제척기간의 의의】

국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 법 제26조의 2 제1항 내지 제3항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)ㆍ(법 제26조의 2 제2항의 당해 판결ㆍ결정 또는 상호합의를 이행하기 위한 경정결정 기타 필요한 처분은 제외한다)도 할 수 없다. (2004.2.19. 개정)

 ○ 조세범처벌법 제9조의 2

다음 각호에 게기하는 소득금액은 사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 아니한다.

1. 법에 의한 소득금액결정에 있어서 세무회계와 기업회계와의 차이로 인하여 생긴 금액

2. 법인세의 과세표준을 법인이 신고하거나 정부가 결정 또는 경정함에 있어서 그 법인의 주주ㆍ사원ㆍ사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분된 금액 (80.12.31. 개정)

나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면1팀-794, 2006.06.16

【질의】

- 주택을 건설하여 판매업을 영위하고 있는 개인사업자로서 99년도에 아파트 등을 분양함에 있어서

- 전체분양세대수가 20세대 이상인 경우에는 주택관련법규에 의하여 분양가를 관할구청에 신고하고 승인을 받아서 그 금액이 정해지지만 질의자의 경우는 13세대로서 가격에 대한 규제를 받지 않도록 되어 있음.

- 분양당시에는 분양아파트의 경우 2년 이상 보유나 거주하면 양도소득세를 국세청기준시가로 결정하도록 되어 있었으며, 취·등록세 등 관련 지방세의 경우는 검인계약서에 의해서 부과되어짐.

- 매수자가 양도소득세의 결정기준이 국세청의 기준시가이고 증여세 등의 자금출처 조사부담 완화, 특히 취·등록세 등 취득관련 부대비용의 절감을 목적으로 실제거래금액과는 다른 금액으로 해 줄 것을 요구하여 판매 등이 우선인 관계로 부득이하게 수입금액을 일부 누락하여 신고하게 되었음.

주택건설판매업은 사업소득으로서 부득이하게 매수자 등의 강한 요청으로 인하여 일부 수입금액이 누락되어 신고 되었다면 누락된 수입금액에 대해 적용되는 국세부과제척기간은 몇 년인지에 대해 질의함.

【회신】

법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 경우 종합소득세의 국세부과제척기간은 5년간이나, 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당된다면 10년간의 국세부과제척기간이 적용되며 귀 질의가 이에 해당하는지는 납세의무자의 고의, 부정행위의 적극성, 방법 및 정도 등을 종합적으로 확인하여 판단하여야 합니다.

○ 서면1팀-1615, 2005.12.29

【질의】

- 갑이 97. 1월 부동산에 관한 권리(대토권)를 을에게 양도하고 을은 97. 9월 병에게 양도하였음.

- 갑은 갑이 병에게 직접 양도한 것으로 하여 과세미달 신고하였고 을은 양도소득세를 미신고하였음.

- 과세관청의 세무조사(2005. 5월)에 의하여 갑은 1억 4천만원, 을은 1억 2천만원의 양도차익을 누락하였음이 확인됨.

- 상기의 경우 갑에 대하여 국세부과제척기간이 5년인지, 10년인지 여부

【회신】

납세자가 양도소득세를 포탈할 목적으로 허위의 계약서를 작성하여 양도소득세과세표준신고를 한 경우가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우에 해당하여 10년의 부과제척기간을 적용받는지 여부는 해당 납세의무자의 고의, 부정행위의 적극성, 방법 및 정도 등을 종합적으로 확인하여 판단하여야 하는 것입니다.

○ 서면1팀-499, 2005.05.11

【질의】

유흥업소에서 신용카드 매출전표에 봉사료를 구분기재하지 않고 총액으로 발행 후 ARS승인을 통해 봉사료를 임의로 과대계상함

사기 기타 부정한 행위로 보아 국세부과제척기간이 10년이 적용되는지 여부

【회신】

10년의 국세부과제척기간을 적용받는 ‘사기 기타 부정한 행위' 라 함은 납세자가 ' 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위' 를 함으로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 것을 말하며, 그 사실이 과세관청에 의하여 확인되면 족하고 반드시 조세범칙조사를 실시할 것을 요하지는 아니하는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지 여부는 납세자의 고의, 방법·수단·도구 등 행위의 태양, 탈루세액의 규모 등을 종합적으로 고려하여 사실판단 할 사항임을 알려드립니다.

○ 법규과-5133, 2008.12.08

【질의】

유효이자율법에 따른 채권의 할인·할증 상각액을 이자수익으로 계상하여 법인세를 과다신고한 경우, 부과제척기간이 경과한 사업연도의 과다신고분에 대한 법인세를 감액경정할 수 있는지

【회신】

귀 과세자문의 경우, 보험사업을 영위하는 법인이 채권을 취득하면서 발생한 할인액 또는 할증액을「기업회계기준서」제8호에 의한 유효이자율법에 따라 상각함으로써 결산시 발생하는 이자수익 가감액(이하‘상각액’이라 함)에 대하여 익금불산입하는 세무조정을 하지 아니함에 따라 추후 경정청구에 의해 과다신고한 법인세를 경정하는 경우

과다신고한 사업연도별로 상각액을 익금불산입(△유보)하여 경정할 수 있는 것이나, 그 세무조정을 하지 아니한 사업연도의 부과제척기간이 만료된 경우 법인세의 과세표준이나 세액은 경정할 수 없는 것임

○ 서면1팀-224, 2007.02.09

【회신】

1.「국세기본법」제26조의 2 제1항의 국세부과제척기간은 관할세무서장이 증액경정이나 직권감액경정시 모두 적용하는 것으로 동 제척기간이 만료된 후에는 어떠한 처분(새로운 결정ㆍ증액경정ㆍ감액경정)도 할 수 없는 것이며, 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하고 10년의 기간 내에 같은법 제26조의 2 제1항 제1호의 사유로 부과처분한 경우에는 이에 대한 직권감액경정도 10년의 기간 내에 할 수 있는 것임.

귀 질의의 경우,「국세기본법」제26조의 2 제1항 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 때에는 같은항 제3호에서 규정하는 국세부과의 제척기간을 적용하는 것이며(귀 질의에 대한 재경부 조세정책과-340, 2005.3.23. 회신내용참조), 이 경우 국세부과제척기간의 기산일은 같은법시행령 제12조의 3에서 정한 날로 하는 것임.

2. 납세의무자가 법정신고기한 내에 신고한 세액을 세법의 규정에 의하여 증가시키는 경정은 당초 신고한 세액에 관한 국세기본법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니하고, 당초 신고한 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액 외의 세액에 관한 국세기본법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니하는 것임.

○ 대법원2007두24876 (2008.02.01)

【판단】

(1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 “납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제를 받은 경우 당해 국세의 부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간”이라고 규정하고 있는데 여기에서 “사기 기타 부정한 행위”라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말한다고 할 것이고(대법원 2000. 4. 21. 선고 99도5355 판결 등 참조), 한편 형사상 조세포탈죄에 있어서 범의가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거나 하려고 하는 것을 의미한다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003도1851 판결 등 참조)

(2) 그런데 갑 제2, 3호증, 갑 제4호증의 각 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이○○은 원고의 회장인 이○○의 장손자로서 1998. 3. ○○대학교를 졸업한 후 1998. 7. 1. 원고에 입사하여 대리로 재직하던 중 1999. 8. 25.부터 2001. 5. 18.까지 미국으로 유학하여 ○○○○○○ 소재 ○○○대학에서 경영학 석사(MBA)과정을 이수하여 학위를 취득한 사실, 원고는 이○○이 미국 현지 ○○전자에 대리로 근무하게 되자 2001. 4. 11.자로 이○○을 퇴직 처리한 사실, 원고는 이○○에게 1998. 8.부터 2000. 12.까지 교육훈련비와 급여로 이 사건 쟁점금액을 지급한 사실, 원고는 직원의 교육훈련비에 대한 규정을 두고 있지 아니한 사실을 인정할 수 있으나 위 인정사실만으로 단순한 위법행위를 넘어 원고가 당초부터 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 적극적인 의도를 가지고 이 사건 쟁점금액을 이○○에게 지급한 후 이를 손금에 산입하였다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 쟁점금액과 관련된 1999, 2000 사업연도의 법인세에 있어서는 10년이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는 바, 위 각 법인세법의 부과제척기간의 기산일인 2000. 3. 31.과 2001. 3. 31.로 각 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2006. 4. 11. 이 사건 처분이 이루어졌으므로 이 사건 처분은 제척기간 경과되어 위법하다.

○ 대법원2007두25985, 2008.03.14

【판단】

(1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 의하면 납세자가 “사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간” 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 여기서 “사기 기타 부정한 행위”라 함은 조세의 포탈을 가능케 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란케 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위라고 할 것이다.(대법원 1978. 11. 28. 선고, 78도2308 판결 등 참조).

(2) 이 사건의 경우, ① 원고가 00기공에게 지급하여야 할 미지급임대보증금 20억원은 00기공의 화의채무 20억원을 인수함으로써 그 지급의무가 소멸하였음에도 마치 예금 20억원을 출금하여 지급한 것처럼 변칙회계처리하여 비정상적으로 주주에게 귀속시키고 화의부채 20억원을 장부상 누락시켜 분식회계를 하였고, 피고가 세무조사에 착수하였음에도 위 주주 등에 귀속된 금원에 대하여 어떠한 조치도 취하지 아니한 점,

② 이 사건 증자대금을 가지급금으로 회계처리하였다면 주주의 주금으로 납입된 원고의 자금은 가지급금으로 계상되어 법인 결산시 ‘가지급금 인정이자’와 ‘지급이자 손급불산입’ 항목으로 각각 익금에 가산되어 1999, 2000 사업연도의 법인세를, 위 가지급금 인정이자는 주주 등에 귀속되어 상여나 배당으로 소득처분되어 주주 등의 소득세를 구성하였을 것이나 원고가 이와 같이 회계처리를 하지 아니하고 변칙적인 회계처리 방법을 선택한 것은 조세포탈의 목적이 있었다고 보이는 점, ③ 원고가 2002. 11. 30. 이 사건 증자대금 상당액만큼 감자를 실시한 후 위 감자대금으로 가지급금을 반제하였다고 하더라도 이는 위 증자대금 부분에 대하여 경정이 있을 것을 통지받은 2002. 10. 7. 이후에 이루어진 별개의 거래행위에 불과한 점 등을 종합하면, 이 사건 증자대금과 관련된 원고의 일련의 행위는 착오 또는 단순한 신고누락에 불과한 것이 아니라 김00, 황00에게 귀속된 사외 유출분에 대한 근로소득세 등을 회피하려는 의도를 가지고 그 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란케 하는 행위에 해당한다고 봄이 상당하므로 1999년 귀속 근로소득세의 제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 10년으로 보아야 할 것이다.

(3) 따라서 1999년 귀속 근로소득세 원천징수액 납부기한의 다음날인 2000. 4. 11.부터 부과제척기간 10년이 경과하기 전에 이루어진 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

 ○ 조심2008중0612, 2008.06.19

【판단】

(2) 쟁점 ①에 대하여 본다.

청구법인은 2002사업연도 기초재고자산은 2001사업연도 기초재고자산이 이월된 것임에도 2002사업연도 기초재고자산은 가공계상으로 하여 손금불산입하여 법인세를 부과하고 2001사업연도 기말재고자산에 대하여는 부과제척기간 경과를 이유로 경정하지 아니하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

국세기본법 제26조의 2 제1항의 규정에 의하여 국세의 부과제척기간이 만료되면 과세권자는 같은조 제2항에 규정된 특례제척기간 적용대상이 아니면 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없는 것이다.(대법원 2003두1752, 2004.6.10., 국심 2004서1710, 2004.8.11. 다수 같은 뜻임)

이 건 처분일 현재 2001사업연도 법인세에 대하여는 부과제척기간이 경과하였고, 청구법인의 2001사업연도분 법인세 부과처분이 제26조의 2 제2항에 규정된 부과제척기간 특레규정을 적용할 사유는 확인되지 아니하는 바, 처분청은 청구법인의 2001사업연도 법인세에 대하여 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없는 것으로 확인된다.

따라서, 처분청에서 법인세 부과제척기간이 경과한 청구법인의 2001사업연도 법인세에 대하여 가공기말재고자산을 손금에 산입하여 감액경정결정하지 아니한 것은 적법한 것으로 판단된다.