1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

- 법인으로 보는 단체인 교회가 인근(교회로부터 100m 이내)에 있는 토지를 5년간 교회의 주차장으로 사용하다가 양도하는 경우 법인세 과세대상인지

-법인으로 보는 단체인 교회가 무허가 건물을 8년간예배당으로 사용하다가 그 부속토지와 함께 양도시 법인세 과세대상인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>

 1. 각 사업년도의 소득

 2. 청산소득

 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정)

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 서면2팀-580, 2005.04.22

「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 같은법시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세가 과세되지 않는 것이나,

귀 질의의 경우 처분된 토지가 교회건물의 부지 중 일부로서 고유목적사업에 필수적으로 사용되었는지의 여부는 사실판단하여야 하는 것임.

○ 법인세과-694, 2009.6.11

법인으로 보는 단체로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 주택을 양도하는 경우 당해 주택의 양도로 인하여 발생하는 소득은 수익사업에 해당되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항임

○ 서면2팀-251, 2006.02.01

종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 부목사 또는 전도사가 교회로부터 제공된 사택을 3년 이상 사용한 경우 당해 사택은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호에서 규정하는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접사용한 토지 등”에 해당하는 것이나,

부목사 또는 전도사가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하였는지 여부, 교화업무를 전업으로 하는 부목사 또는 전도사가 사택을 3년 이상 사용하였는지 여부 등은 과세관청에서 사실판단할 사항이며

종교시설의 부속토지를 양도하는 경우 종교시설의 사용내용에 따라 부속토지 양도차익의 과세여부를 결정하는 것이며 부속토지가 아닌 종교법인의 토지를 나대지 상태로 양도하는 것은 고유목적으로 위한 사용에 해당하지 않는 것이므로 법인세법 시행령 제2조 제2항의 규정이 적용되지 않는 것임.(참고 : 재재산46014-280,2001.11.20.)

○ 재재산46014-280, 2001.11.20

종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 부목사 또는 전도사가 교회로부터 제공된 사택을 3년 이상 사용한 경우 당해 사택은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호에서 규정하는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접사용한 토지 등”에 해당하는 것이나,

부목사 또는 전도사가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하였는지 여부, 교화업무를 전업으로 하는 부목사 또는 전도사가 사택을 3년 이상 사용하였는지 여부 등은 과세관청에서 사실판단할 사항임

○ 서면2팀-957, 2007.05.17

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 병원 건물의 부속토지로 사용 중인 타인 명의 토지를 토지 소유자로부터 단계적으로 분할 취득하는 경우에는 동 토지를 칙득하는 시점마다 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임.

의료업을 영위중인 비영리내국법인이 기타의 수익사업(주차장)에 사용하던 토지를 병원 건물의 착공을 위해 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에는 그 전입하는 시정에서 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임.

○ 법인-285, 2009.03.19

【질의】

◇ 교회를 하다가 이번에 양도하게 되었음. 교회 건물은 무허가 건물이고 2003년부터 교회사업을 하고 있던중에 큰 건물로 이사하게 되어 처분하게 되었음. 현재 당 교회는 교회 소유로 되어 있는데 세무서에서 고유번호증까지 받아서 교회를 운영하고 있음.

1. 교회는 3년이상 교회로 사용했으므로 양도소득세를 안내도 되는지.

2. 양도세를 낸다면 무허가 건물이므로 비사업용 토지로 중과세를 하는지. 아니면 교회건물이므로 일반세율을 적용하는지.

【회신】

「국세기본법」 제13조 제2항 각호의 요건을 충족하여 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 고정자산을 처분함으로써 생기는 수입은 「법인세법 시행령」 제2조 제2항의 규정에 따라 법인세 과세대상에 해당하지 않는 것이나, 당해 고정자산이 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호에 의한 비사업용 토지에 해당되는 경우에는 당해 토지의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 납부하여야 하는 것임