1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 비영리법인(교회)이 교회소유 아파트를 매각함. 양도한 아파트는 교회교육시설, 예배실 등의 고유목적사업으로 사용하였다는 입증자료를 제출하여 법인세 과세대상에서 제외됨.
○ 질의요지
- 교회교육시설, 예배실 등 교회업무용으로 사용한 아파트를 양도한 경우 법인세법 제55조의2를 적용함에 있어 과세대상 주택 해당여부
【關聯法令】
□ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2009. 5. 21. 개정)
가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 5. 21. 개정)
나. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 (2009. 5. 21. 개정)
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 (2009. 5. 21. 개정)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) (이하생략)
□ 법인세법 시행령 제92조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
② 법 제55조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2009. 4. 21. 개정)
1. 「임대주택법」에 따라 5호[「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 1호]이상의 국민주택[수도권 밖의 지역인 경우에는 「주택법」에 따른 주택으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 주택. 이하 이 호에서 같다]을 임대하고 있는 법인이 10년(수도권 밖의 지역인 경우에는 7년) 이상 임대한 국민주택 (2008. 10. 7. 개정)
□ 주택법 제2조 【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2009. 2. 3. 개정)
1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다. (2009. 2. 3. 개정)
□ 법인세법 시행령 제92조의 4 【토지지목의 판정】
법 제55조의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. (2005. 12. 31. 신설)
□ 소득세법 기본통칙 89-3 【공부상 주택이나 사실상 영업용 건물인 경우 비과세여부】
소유하고 있던 공부상 주택인 1세대 1주택을 거주용이 아닌 영업용 건물(점포ㆍ사무소 등)로 사용하다가 양도하는 때에는 영 제154조 제1항에 규정하는 1세대 1주택으로 보지 아니한다.
【關聯例規】
○ 서면2팀-2676(2006.12.28)
【질의】
(질의 1) 공부상 주택으로 되어 있으나 사실상 식당으로 사용하고 있는 경우 주택의 양도로 보는지 여부
(질의 2) 공부상 주택으로 되어 있으나 주택을 헐어버린 상태로 양도하는 경우 나대지 양도로 보는지 아니면 주택 양도로 보는지 여부
【회신】
1. 내국법인이 양도하는 건물이 주택에 해당하는지 여부는 건물의 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보는 것으로, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지는 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단할 사항이며
2. 공부상 주택으로 되어 있으나 주택을 멸실 후 나대지 상태로 양도하는 경우 주택 양도가 아닌 토지의 양도로 보는 것임.
○ 서면4팀-3630(2006.11.02) ←(법규과-4538, 2006.10.25)
【질의】
- 1세대2주택의 중과세율을 적용함에 있어 공부상 주택을 취득하여 개인사업자의 사무실로 사용하다가 양도하는 경우 사실상의 주택에 사용하지 않았으므로 중과세율 적용대상에서 제외되는지 또는 공부상 주택이기 때문에 중과세율을 적용하여야 하는지 여부
【회신】
건물이 주택에 해당하는지 여부는 건물의 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고
일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보는 것이며,
귀 질의의 경우가 이에 해당하는지는 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단할 사항임.
○ 대법2005두4304, 2006.10.26
주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우, 그 다른 건물이 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 같은법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다(대법원 2005. 4. 28. 선고, 2004두14960 판결 참조).
위와 같은 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이 사건 쟁점 아파트는 일반 분양 아파트로서 그 본래의 용도나 사실상의 용도가 모두 주거용으로 되어 있는 점, 이 사건 쟁점 아파트가 사업용 고정자산으로 장부상 회계처리되었다고 하더라도 ○○○로서는 그와는 상관없이 언제든지 기존의 종업원을 내보내고 자신이나 종업원 이외의 제3자의 주거용으로 사용하거나 또는 임의로 처분할 수도 있을 것으로 보이는 점(원심은 이 사건 쟁점 아파트는 ○○○와 동업자들의 합유재산에 속하여 합유자 전원의 동의가 없는 한 그 처분행위의 효력이 없다고 하나, 원고가 제출한 동업계약서에 의하더라도 ○○○가 이 사건 쟁점 아파트를 조합재산으로 출자하기로 약정한 바가 없을 뿐만 아니라 그 주장의 동업계약 이후에도 ○○○가 단독 명의로 아파트를 취득한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 아파트가 동업자들의 합유재산에 속한다고 보기는 어렵다), ○○○가 나중에 이 사건 쟁점 아파트를 양도하는 경우 주택으로 양도할 것이고, 특히 최종적으로 양도되는 아파트의 경우에는 ‘1세대 1주택’으로 비과세될 것으로 예상되는 점, ○○○가 운영하는 사업장의 자산 규모나 그 종업원의 수 등에 비추어 보면 ○○○로서는 종업원이 거주할 기숙사나 합숙소 등이 꼭 필요하였더라면 사업장과 가까운 곳에 여러 명의 종업원이 함께 거주할 수 있는 건물을 마련할 수도 있었을 것으로 보이는데, 굳이 사업장에서 멀리 떨어진 읍내 소재지에 있는 이 사건 쟁점 아파트를 취득하여 아파트 1채당 종업원 1명과 그 가족들이 거주하도록 한 것으로 미루어 보아 이 사건 쟁점 아파트가 반드시 사업(종업원 숙소용)에만 전용(專用)될 것이라고 기대하기 어려운 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 이 사건 쟁점 아파트는 종업원의 거주만을 위한 사업용 건물이라기 보다는 일반 주거용으로 사용되는 ‘주택’으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.
○ 대법2004두14960, 2005.04.28
주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우 그 다른 건물이 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 같은법시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고(대법원 1987. 9. 8. 선고, 87누584 판결 등 참조), 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다.
이러한 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 원심이, 이 사건 제3 아파트는 원고의 처인 ○○○가 이를 취득한 이후부터 가정보육시설인 이른바 놀이방 전용시설로 사용되어 왔고 주거용으로 사용된 적이 없다고는 하나, 관계 법령에 의하면 가정보육시설은 개인이 가정 또는 그에 준하는 곳에서 설치ㆍ운영하는 보육시설로서 가정보육시설이 설치된 건축물은 건축법상 그 용도가 근린생활시설이나 복지시설이 아닌 주택으로 분류되며, 이 사건 제3 아파트의 구조ㆍ기능이나 시설 등은 침실, 주방 및 식당, 화장실 겸 욕실 등으로 이루어져 독립된 주거에 적합한 형태를 갖추고 있으며, 언제든지 ○○○ 본인이 용도나 구조변경 없이 주거용으로 사용할 수 있고, 또 제3자에게 양도하는 경우에도 주거용 건물(아파트)로 양도될 것이 예상되므로, 이 사건 아파트는 구 소득세법이 정한 주택에 해당된다고 판단한 조치는 옳고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 1세대 1주택 비과세요건에 관한 법리오해의 위법 등이 없다.
상고이유에서 들고 있는 대법원판례들은 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
○ 서면4팀-872(2006.04.07)
【질의】
(현황)
본인은 성남 분당에 2002년 5월경 지상 5층 건물의 오피스텔 1개층(실평 5∼8평 원룸 10개, 개당 현재 실가 4,000∼5,000만원)을 분양받아 임대사업자 등록증을 교부받고 현재까지 임대하여 생계비로 충당하고 있음.
상기 오피스텔은 개별 구분등기가 되어 있으며 10실 모두 분양 당시부터 지금까지 세입자가 주거용으로 사용하고 있으며 소득세도 그렇게 납부하였음(주민등록이전과 계약서로 입증됨).
또한 본인은 분당에 32평형(실평 25.7평) 아파트 1채를 소유하고 있으며 양도소득세 면제 기준(3년 보유 2년 거주)을 갖추고 있음.
(질의)
4. 상기 오피스텔을 양도할 경우 양도당시에만 사무용으로 사용하면 주택 수에서 제외되어 양도세는 일반세율을 적용하는지.
한번이라도 주택으로 사용하였다면 주택으로 간주되는지.
양도시 주택과 기타용도로 사용한 기간에 대한 기준이 있는지.
양도시 공실인 경우는 어떻게 분류해야 되는지.
【회신】
4. (질의 4) 양도일 현재 임차인이 당해 오피스텔을 상시 주거용으로 사용하는 사실이 확인되는 경우에는 이를 주택의 임대로 보고 관계법령을 적용하는 것임. 공실로 보유하는 오피스텔의 경우 내부시설 및 구조 등을 주거용으로 사용할 수 있도록 변경하지 않고 당초 건축법상의 업무용으로 사용승인된 형태를 유지하고 있는 경우에는 주택으로 볼 수 없는 것이며, 이에 대하여는 관련 사실을 종합하여 판단할 사항임.